Isamu et Minoru vivent avec leurs parents dans un lotissement de la banlieue de Tokyo. Ils sont à l'origine, sans le vouloir, d'une querelle de voisinage : des voisins ont un poste de télévision qui attire les enfants du quartier. Les deux gamins demandent à leur père d'en acheter un. Celui-ci refuse et leur ordonne de se taire. Le prenant au mot, les garçons décident une grève de la parole et refusent de parler à quiconque. Les voisins, constatant que leurs salutations matinales restent sans réponse, en déduisent que la mère des deux garçons leur en veut...
Comme Fleurs d'équinoxe, Bonjour tourne autour du sujet de prédilection du réalisateur : l'opposition entre l'ancienne et la jeune génération, la question de l'obéissance et du respect dus aux parents.
Bonjour est très proche de Gosses de Tokyo, réalisé en 1938. Deux enfants entamaient une grève de la faim en signe de protestation contre la soumission de leur père vis-à-vis de son patron. Ici, il s'agit d'une grève de la parole, et l'objet du conflit est la télévision, symbole d'un Japon en mutation. Sans enfoncer le clou, avec humour et dans le style dépouillé qui lui est propre, Ozu décrit les rapports d'un père avec ses fils : rapports conflictuels - le père frappe l'aîné - mais pas au point de briser la structure familiale. Les enfants finiront par reprendre langue et répondre au "bonjour" des voisins.