Dans le désert des Mojaves, une femme en robe de bure assise sur un rocher est rejointe par un homme qui la prend délicatement par les épaules pour continuer son chemin avec elle.
Assise dans une étude de sable, elle crie "Philippe ! I can't breaaaaathe!, Help me". Il s'éloigne, fait deux fois un cercle autour d'elle et lorsqu'elle déclare I don't need you, ils e disputent et s'éloignent. Pourtant elle el suit toujours, l'accuse d'être le diable voudrait qu'il parle. Elle s'écroule, il s'écroule; la caméra les abandonne
Elle est dans une grotte et parle en allemand; un enfant aux cheveux bruns apparait à coté d'elle. Un enfant blond déclare à un homme sur un cheval dans un cercle de feu qu'il ne lui fait pas peur. L'enfant, à pied, conduit sa mère, montée sur un cheval dans un désert parsemé de nappes de feu
Un cavalier tout de blanc vêtu fonce vers la femme qui crie dans le désert alors qu'un berger s'avance et lui tend un agneau avant de disparaitre.
Un frêle voilier sur une plage d'Islande. En sort un homme nu qui monte sur un cheval qui attendait à côté. L'homme porte un carquois et des flèches et parcourt la plage. Il ne semble pas voir la femme en habit de bure derrière lui. La nuit, le cavalier ordonne à intervalles réguliers, aux geysers de bouillonner. Le matin il rencontre la femme prés d'une chute d'eau: ils ne devraient pas être là lui dit-elle en anglais. Il ordonne au feu des volcans, il porte le feu au petit père des peuples sur une autre planète. En rejoignant son bateau, il se retrouve face à la femme. Elle voudrait lui donner un nom. Ils se séparent mais il la retrouve près du lac. Il prend son bateau pour traverser. Elle repart à pied et découvre le bateau en flamme. Il forge l'épée. Il la lui donne avant de s'enfoncer en terre. Elle est la gardienne de l'épée.
Après Le Lit de la vierge, allégorie christique tournée en scope en Italie et à Marrakech, Garrel part filmer La cicatrice intérieure au Nouveau Mexique, en Islande, en Italie et en Egypte. Premier film de Garrel tourné avec Nico, La cicatrice intérieure est produit par Sylvina Boissonnas, femme immensément riche, personnage flamboyant et extravagant qui finance projets de peinture, film, photographie, musique des jeunes artistes, distribuant avec générosité les chèques à sa table de la Coupole. Elle devient le mécène du groupe Zanzibar, qui rêve d’être une maison de production idéale.
Figure centrale de La Cicatrice intérieure, Nico en compose également la musique et les chansons, et improvise ses dialogues, en anglais et en allemand, sa langue natale que Garrel ne comprend pas. Au début de La Cicatrice intérieure, dans le même désert où Stroheim tourna les derniers plans des Rapaces, Antonioni Zabriski point et, plus tard Gus van sant Gerry,
La Cicatrice intérieure, avec ses faux airs d’Heroic Fantasy sous acides (Pierre Clémenti nu sur son cheval, avec carquois et flèches, dans des paysages de planète sauvage) montre la détresse d’une génération et la vie d’un couple, entre incompréhension, fusion et expérience des limites. C’est aussi un film de bande, de communauté impossible, où Garrel filme femme, amis et enfants (celui de Nico et d’Alain Delon, jamais reconnu par son père, le petit Ari Boulogne ; le fils de Clémenti, Balthazar).
Les plans sont assez longs : marche dans le désert (1-3'), séparation (2-6'), marche (3-5'), cicatrice intérieure (4 et 5 -1' et 15"), marche de l'enfant blond (6 et 7- 3' et 2') avec une première partie de 20'. La course du' cavalier (8-15") et le berger (9-5') puis le berger, avec avant plan vert (10-15"), le cavalier sur la plage (11-3'), puis ordonne aux geysers (12-30").
Le matin femme à la chute (13-3') ordonne au feu (14-15") porte le feu (15-3') enfant sur coton et glace (16-2'), l'archer ramène le feu : petit père des peuples, je te salue. Je viens d'un astre lointain qu'on appelle la terre. Je suis venu t'apporter ce modeste présent afin que s'accomplissent l'amour et la paix, trop souvent noyés dans le sang. Je te salue enfant de la nature (17-3'). Enfant content (18-30"). Course vers le bateau et rencontre femme (19-6'), femme près du lac et départ de l'acher (20 et 21, 30", 3'), retour de la femme (22), épée forgée, donnée à la femme (23).