Une journée comme les autres, dans la vallée de San Fernando Au dernier stade du cancer, Earl Partridge na plus que quelques heures à vivre. Sa jeune et jolie femme Linda, qui ne la épousé que pour son argent, se rend soudain compte quelle laime et fait la tournée des pharmacies afin de se procurer un médicament capable de soulager ses souffrances. Earl confie à son infirmier, Phil Parma, son souhait de revoir le fils quil a abandonné trente ans plus tôt.
Rempli de haine et de rancur, celui-ci est devenu, sous le nom de Frank T.J. Mackey, le maître à penser des mâles frustrés et misogynes auxquels il apprend « lart » de conquérir et de faire souffrir les femmes. Ce gourou médiatique sévit notamment à la télévision, où se déroule par ailleurs un jeu télévisé auquel participe le surdoué Stanley Spector, un jeune garçon constamment harcelé et poussé au-delà de ses limites par son père Rick, un être froid, autoritaire et ambitieux.
Donnie Smith, lui-même ancien enfant prodige, sest vu dépouiller de ses gains par ses parents et doit se contenter aujourdhui dun petit emploi dans le magasin délectronique de Solomon Solomon.
Le jeu télévisé est animé par limmonde Jimmy Gator, lui aussi atteint dun cancer en phase terminale. Avant de mourir, il voudrait se réconcilier avec sa fille Claudia, une jeune femme très perturbée qui tente doublier dans la drogue une jeunesse marquée par linceste. Suite à une plainte pour tapage, Jim Kurring, un brave policier, fait la connaissance de Claudia, tombe amoureux delle et lui demande de sortir avec lui.
Phil Parma tente par tous les moyens de joindre Frank, pour linstant occupé à répondre aux questions pertinentes de la journaliste Gwenovier. Linda est sauvée de justesse dune tentative de suicide aux barbituriques. Jimmy a un malaise pendant son émission et son épouse Rose le repousse lorsquelle découvre son passé incestueux. Stanley se rebelle contre son père et lexploitation dont il est victime. À la recherche de son arme, malencontreusement égarée, Jim rate son rendez-vous avec Claudia. À la fois hargneux et ému, Frank se présente au chevet de son père et assiste à sa mort. Licencié par son patron, Donnie cambriole le coffre du magasin de Solomon, puis décide de remettre largent en place. Écrasé par le poids de sa faute, Jimmy choisit de se suicider.
Une pluie de grenouilles sabat sur la région, achevant en apocalypse cette longue journée.
Jim Kurring décide de ne pas arrêter Donnie qui s'est brisé les dents après la pluie de grenouilles qui s'est abattu sur le poteau qu'il tentait d'escalader. Il vient se réconcilier avec Claudia en lui donnant confiance en elle-même.
Ours d'Or à Berlin en 2000, Magnolia, est une oeuvre chorale, succession de rencontres et de coïncidences improbables entre personnages liées par la faute et le poids du remord. Quand faut-il savoir aider, pardonner ou arrêter les gens se demande Jim Kurring ? Etre humain c'est savoir faire cela au mieux.