L'ange Cassiel surveille toujours Berlin, aujourd'hui réunifiée. Il est las de sa condition, savoir tout des hommes, anonymes ou grands de ce monde, comme Gorbatchev. Il envie son ancien compagnon Damiel, devenu simple mortel, époux de la belle trapéziste Marion et tenancier d'une pizzeria. Il voudrait lui aussi, comme il le confie à son amie-ange Raphaela, devenir un homme capable de faire le bien.
Un jour, il sauve instinctivement Raïssa, une fillette qui tombe d'un balcon, et son voeu est exaucé : il se retrouve dans le monde réel, bariolé et dangereux. Il revoit Damiel et Marion mais est poursuivi par Emit Flesti, mauvais ange qui veut raccourcir sa vie pour le punir de sa désertion.
Cassiel /Karl, d'abord clochard, retrouve ceux qu'auparavant il surveillait : le vieux Konrad, ex-chauffeur d'un dignitaire nazi ; Hanna, sa fille adoptive, elle-même mère de Raïssa ; Tony Baker, homme d'affaires américain, qui paie un détective, Winter, pour percer le secret de ses origines allemandes et retrouver sa soeur Hanna, dont il fut séparé à la fin de la guerre.
Baker aide Karl en l'associant à ses affaires, dont ce dernier découvre bientôt la nature : trafic d'armes et de vidéo porno avec l'ex-bloc de l'Est. Dégoûté, secouru par Lou Reed et Peter Falk, anciens anges eux aussi, Karl décide de se racheter : grâce à Falk déguisé en... Columbo et aux amis du cirque de Marion, il détruit les marchandises de Baker et va au secours de Hanna, que le trafiquant a retrouvé.
Dans l'affrontement, Karl sauve à nouveau Raïssa mais, cette fois, il meurt, comme l'avait prévu Emit Flesti (Time Itself / Le Temps en personne).
Six ans après Les ailes du désir, le mur est tombé mais Berlin et le monde n'ont pas pour autant retrouvé leur morale et leur spiritualité. La première partie, en noir et blanc, est assez proche du premier film, la seconde embarque dans une intrigue policière.