Jon Watts étudie le cinéma à l'Université de New York et commence sa carrière par la réalisation de publicités. En 2001, il signe avec David Karlsberg Clay Pride : Being Clay (littéralement "Être Argile"), un court métrage métaphorique sur la stigmatisation de l'homosexualité.

En 2005, le jeune cinéaste tourne un premier court seul derrière la caméra : The Invisible Dog, qui raconte l'étrange histoire d'un petit garçon qui veut un chien si fort qu'il décide de l'imaginer. Il se tourne ensuite vers l'humour en réalisant quelques sketchs sur Internet pour Funny Or Die.

Employé par la chaîne Comedy Central, il devient une valeur sûre en comédie à la télévision. En 2011, Jon Watts met en scène The Fuzz, un film parodique avec des marionnettes. Cette même année, il signe de nombreux épisodes de la série télévisée d'actualités parodiques Onion News Network.

En 2014, il passe au format long avec Clown. Produit par Eli Roth (qui lui propose de faire ce film après avoir visionné sur Youtube une fausse BA concoctée par Watts sur un clown tueur), le film suit Peter Stormare en gentil papa qui se déguise en clown... Et qui ne peut plus retirer son costume.

Le natif de Fountain (une petite ville du Colorado) poursuit avec Cop Car, un violent thriller se déroulant dans l'Amérique profonde, où Kevin Bacon incarne un shérif on ne peut plus véreux prenant en chasse deux garçons. Le long métrage est remarqué au prestigieux festival de Sundance.

En 2015, il est choisi pour réaliser le nouveau reboot de la saga Spider-Man avec Tom Holland. Fort du succès du blockbuster (880 millions de dollars de recettes mondiales), il enchaîne avec Spider-Man: Far from Home (plus d'1,1 milliard de recettes) et Spider-Man: No Way Home.

Ne quittant plus l'univers des super-héros, Jon Watts s'attaque à un autre gros morceau du catalogue Marvel : Les 4 Fantastiques, avec un reboot qui marque leur entrée dans le MCU. En septembre 2021, il est annoncé qu'il réalisera un thriller emmené par George Clooney et Brad Pitt.

Filmographie :

2014	Clown
2015	Cop Car
2017	Spider-Man : Homecoming
	Avec : Tom Holland (Peter Parker / Spider-Man), Michael Keaton (Adrian Toomes / Le vautour), Robert Downey Jr. (Tony Stark / Iron Man), Zendaya (Michelle). 2h13. Après ses spectaculaires débuts dans Captain America : Civil War, le jeune Peter Parker découvre peu à peu sa nouvelle identité, celle de Spider-Man, le super-héros lanceur de toile. Galvanisé par son expérience avec les Avengers, Peter rentre chez lui auprès de sa tante May, sous l’œil attentif de son nouveau mentor, Tony Stark. Il s’efforce de reprendre sa vie d’avant, mais au fond de lui, Peter rêve de se prouver qu’il est plus que le sympathique super héros du quartier. L’apparition d’un nouvel ennemi, le Vautour, va mettre en danger tout ce qui compte pour lui...
2019	Spider-Man: Far from Home
	Avec : Tom Holland (Peter Parker / Spider-Man), Jake Gyllenhaal (Quentin Beck / Mysterio), Zendaya (MJ), Samuel L. Jackson (Nick Fury). 2h10. L'araignée sympa du quartier décide de rejoindre ses meilleurs amis Ned, MJ, et le reste de la bande pour des vacances en Europe. Cependant, le projet de Peter de laisser son costume de super-héros derrière lui pendant quelques semaines est rapidement compromis quand il accepte à contrecoeur d'aider Nick Fury à découvrir le mystère de plusieurs attaques de créatures, qui ravagent le continent !
2021	Spider-Man: No Way Home
	Avec : Tom Holland (Peter Parker / Spider-Man), Zendaya (MJ), Benedict Cumberbatch (Doctor Strange), Jacob Batalon (Ned Leeds). 2h28. Pour la première fois dans son histoire cinématographique, Spider-Man, le héros sympa du quartier est démasqué et ne peut désormais plus séparer sa vie normale de ses lourdes responsabilités de super-héros. Quand il demande de l'aide à Doctor Strange, les enjeux deviennent encore plus dangereux, le forçant à découvrir ce qu'être Spider-Man signifie véritablement.