Début du vingtième siècle, cinq adolescents de bonne famille épris de liberté commettent un crime sauvage. Ils sont repris en main par le Capitaine, le temps d'une croisière répressive sur un voilier. Les garçons se mutinent. Ils échouent sur une île sauvage où se mêlent plaisir et végétation luxuriante. La métamorphose peut commencer…
C’est le roman de Burroughs (paru en 1971) qui est à l’origine de l’idée première du film. De courts passages de celui-ci ont guidé Bertrand Mandico : une séquence où de jeunes garçons copulent avec des végétaux hypersexués, puis une autre, encore plus lyrique, où ils s’en vont conquérir le monde. "J’ai imaginé des boutures improbables avec des récits d’aventure à la Jules Verne. Et le titre renvoie aussi au sexe des interprètes. Entre autres, il y a Querelle de Fassbinder, un peu de Zéro de conduite de Jean Vigo, Orange mécanique au début pour une scène assez violente avec des percussions très sèches, qui rappellent le cinéma japonais, comme Onibaba de Kaneto Shindo."
Dans Les garçons sauvages, il y a seulement un gif animé, trafiqué. Quand le personnage de Tanguy court sur la plage, autour de lui se déploie tout un univers cosmique : "C’est un gif que j’ai filmé et que j’ai projeté derrière un aquarium dans lequel je jetais des paillettes. Je l’ai filmé encore et j’ai projeté le tout derrière.. Ça me ramène trop à un concret qui me plombe, quelque chose de trivial. Je sculpte ma bande-son plus tard."