Une expédition découvre King Kong dans son île de Skull Island et le ramène au Japon. Il s'échappe et cause des dégâts. Parallèlement, Godzilla sort de son iceberg et vient lui aussi au Japon donner libre cours à ses appétits destructeurs. Pour se débarrasser des deux monstres on décide de les faire s'affronter : le combat finalement a lieu sur le mont Fuji...