Le président Abraham Lincoln est assassiné par le fanatique John Wilkes Booth. Ce dernier se casse la jambe et il est soigné par le docteur Samuel Mudd. Arrêté et accusé de complicité dans le meurtre de Lincoln, le docteur Mudd, qui est sudiste, est condamné à la détention à perpétuité. Il est alors envoyé dans la prison de Shark Island, où il subit les brimades et la haine des gardiens, notamment du sadique sergent Rankin.
Samuel Mudd parvient à s'évader mais il est repris et enfermé, dès son retour dans la prison, dans une espèce de fosse. Une épidémie de fièvre jaune ravage la prison. Mudd à qui on a fait appel se dévoue sans compter. Il parvient, non seulement à guérir les malades, mais aussi à apaiser les prisonniers noirs qui se révoltaient. À son tour, Mudd tombe malade. Il se rétablit et, gracié en raison de sa conduite, il peut retrouver sa famille.