L'Allemagne, en 1349. Une troupe de baladins se dirige vers Hanovre, mais elle est rejointe par un jeune et mystérieux joueur de flûte, qui leur conseille de bifurquer vers Hamelin - seule cité épargnée par l'épidémie de peste qui sévit alors. Cependant, le groupe se voit refuser l'entrée de la ville, car celle-ci est toute occupée aux préparatifs des noces du fils du Baron - Franz - et de la fille du riche Bourgmestre, Lisa. Finalement, c'est encore grâce au petit joueur de flûte que les baladins peuvent pénétrer dans la ville, car, par sa musique, il a guéri le mal dont souffrait momentanément Lisa.
Peu de temps après, l'alchimiste juif Melius et son jeune apprenti Gavin voient apparaître à Hamelin les premiers rats noirs propagateurs de la peste. Melius en informe immédiatement le Baron et s'emploie très vite à trouver un antidote contre cette horrible épidémie. Mais le Baron va demander à Melius d'abandonner ses recherches et de fabriquer de l'or à la place, afin de financer une armée...
En conséquence, les rats envahissent complètement la ville, pendant la cérémonie du mariage de Franz et Lisa. Intervient alors de nouveau le joueur de flûte, qui débarrasse la ville des rats, en les charmant par sa musique et en les entraînant dans la rivière. Mais la ville refuse de verser au jeune musicien les mille guilders qu'elle lui avait promis. De plus, le vieil alchimiste est envoyé sur le bûcher pour avoir désobéi au Baron... Si bien que le joueur de flûte utilise à nouveau son instrument magique, pour entraîner cette fois derrière lui tous les enfants d'Hamelin. Comme s'il s'agissait d'une punition divine, le fils du Baron attrape finalement la peste, tandis que les innocents et les purs - Lisa, Gavin, les baladins... - suivent le joueur de flûte et quittent à jamais la ville maudite...