En septembre 1894, une agent infiltrée à l'Ambassade d'Allemagne en sort un bordereau manuscrit de transmission de documents militaires de l'état-major français. Celui-ci enquête exclusivement parmi les officiers stagiaires se déplaçant dans les bureaux. Un faisceau de présomption laisse penser que le capitaine Alfred Dreyfus pourrait être le traitre. Alsacien et juif, il fait un coupable idéal. Plus les preuves s'avèrent pauvres et fragiles, plus l'état-major et le ministère s'enferment dans leur logique. Dreyfus est condamné en Conseil de guerre, en partie sur la base d'un dossier secret, et déporté sur l'île du Diable.
L'affaire ne fait que commencer : les milieux d'extrême droite et nationalistes instrumentalisent l'affaire pour mener une campane antisémite de plus en plus violente, et les républicains, dont certains étaient convaincus de la culpabilité (Blum) comprennent peu à peu que c'est une erreur judiciaire et que Dreyfus est condamné parce que juif.
Le colonel Picquart, en prenant la direction des services de renseignement militaires, découvre en mars 1896 par le même canal un télégramme de la même écriture que le bordereau, envoyée par le commandant Esterhazy. L'écriture d'Esterhazy est également reconnue par son banquier. Sa hiérarchie, qui refuse de reconnaître que l'Armée s'est trompée, écarte Picquart et demande au commandant Henry d'étoffer le dossier. Celui commence à faire des faux accusant Dreyfus.
L'Armée exige d'Esterhazy, personnage peu recommandable, qu'il demande son inculpation pour pouvoir être mis hors de cause. Une parodie de jugement l'acquitte en 1898. Émile Zola, outré devant les multiples mensonges ayant fait condamner un innocent et acquitter un coupable, publie le texte « J'accuse…! » à la une de L'Aurore, faisant basculer les intellectuels et une partie de l'opinion qui se mobilisent désormais. Zola est condamné en cour d'assises, mais pour la première fois un procès a lieu publiquement et la thèse de l'Armée se fissure.
Godefroy de Cavaignac, arrivant au ministère de la Guerre veut que Dreyfus soit définitivement considéré comme coupable et épluche pour cela tout le dossier, y compris secret. On y découvre les faux d'Henry, qui est arrêté et se donne la mort non sans avoir confessé sa culpabilité. La voie s'ouvre pour une révision. Un nouveau conseil de guerre confirme contre toute évidence la condamnation de Dreyfus, mais le gouvernement, qui veut clore l'affaire, fait gracier Dreyfus. La Cour de cassation annule toutes les procédures et impose la réhabilitation et sa réintégration dans l'armée en 1906.
Dreyfus ne demandera jamais à être indemnisé. Esterhazy, qui s'est enfui à Bruxelles sous un faux nom, ne sera jamais inquiété.
Film de procès en 2 parties (3h23 min au total) réalisé par Yves Boisset sur un scénario de Jorge Semprún d'après le livre L'Affaire de Jean-Denis Bredin, sur l'affaire Dreyfus.