En 1958, un jeune coréen, "R", est arrêté, accusé d'avoir violé et tué deux lycéennes japonaises. Il attend la sentence et l'exécution dans la cellule d'une prison de Tokyo. La sentence est exécutée : on le pend. Mais, après la pendaison, "R" est toujours vivant, mais inconscient. Or, la loi japonaise interdit l'exécution de toute personne en état d'inconscience.
Entouré des fonctionnaires de police qui le questionnent, "R" semble être atteint d'amnésie : il ne reconnaît pas sa culpabilité, ni son identité, refusant d'être "R". Plus tard, toujours questionné, "R" reconnaît qu'un coréen a commis ce double meurtre, mais n'admet pas que ce soit lui. On revient sur sa jeunesse et ses " crimes " : un fonctionnaire opère la reconstitution du crime dont " R " est accusé. Mais la nouvelle victime ressuscite sous l'aspect d'une jeune coréenne que "R" appelle "sur". Au début, elle est invisible de tous, sauf de "R" et du fonctionnaire " coupable". La fille défend "R", en déclarant que son " crime " est dû à l'impérialisme nippon. Mais le procureur, resté aveugle jusqu'à la fin, donne l'ordre de la faire disparaître. Bientôt, "R" et sa "sur" sont invisibles aux fonctionnaires, qui fêtent l'exécution en se saoulant.
Grâce au sentiment qu'il éprouve pour sa "sur", le jeune coréen arrive à distinguer le rêve de la réalité et à devenir "R". Il reconnaît enfin être l'auteur des crimes dont on l'accuse, mais clame néanmoins son innocence, et accepte d'être exécuté de nouveau, parce qu'il est assuré de cette innocence...
Adapté d’un fait divers survenu dix ans plus tôt, La Pendaison tire parti du minimalisme de son dispositif pour dresser un réquisitoire contre la peine de mort, entre film-théorème et théâtre de l’absurde.