Au XVIe siècle, période trouble de guerre entre clans, Jutaro tente de venger son père, seigneur de Fushikage assassiné par Shuzen Sakagami. Il est bientôt épaulé par le mystérieux Kagemaru, à la tête d’un groupe de ninjas…
« Film-strip » réalisé à partir des dessins originaux du mangaka Sanpei Shirato, Carnets secrets des ninjas prolonge l’expérience du Journal de Yunbogi en un montage virtuose d’images fixes, qui se veut alors l’écho de l’énergie révolutionnaire dont le Japon de 1966 semble de nouveau traversé. – Mathieu Capel
"Jusqu'ici le sujet de la révolution n'était pas considéré comme convenable pour le cinéma japonais. Mais les changements sociaux récents sont évidents. Que devrions-nous faire pour que le peuple profite de ces changements ? De quelle manière devrions-nous verser notre sang ? La réponse se trouve dans "Carnets secrets des Ninjas"." Nagisa Oshima.