La princesse Irulan Corrino écrit secrètement que Paul Atréides est peut-être encore en vie, tandis que son père, l'empereur Shaddam IV, est découragé après la chute de la maison Atréides. En route vers Sietch Tabr sur Arrakis, les troupes Fremen de Stilgar, dont Paul et Lady Jessica, font face à une embuscade Harkonnen mais réussissent à la surmonter. Au Sietch, des soupçons surgissent selon lesquels Jessica et Paul seraient des espions. Certains Fremen ont confiance en eux, croyant en la prophétie d'une mère et d'un fils apportant la prospérité à Arrakis.
Stilgar informe Jessica que leur révérende mère est en train de mourir, la convainquant de la remplacer en buvant l'Eau de Vie, un poison mortel pour les hommes et les personnes non entraînées. Elle transmute le poison et, ce faisant, survit et hérite des souvenirs de chaque ancêtre féminine de sa lignée génétique. À l'insu de quiconque sauf de Paul, Jessica est enceinte de sa sœur ; l'Eau de Vie réveille prématurément l'esprit de sa fille avant sa naissance. Suite à cela, Jessica commence à avoir des conversations d'esprit à esprit avec l'enfant dans son ventre et estime que ceux du nord d'Arrakis doivent d'abord être convaincus de la prophétie, en commençant par les faibles d'esprit. Chani et son amie Shishakli pensent que la prophétie est fausse, mais lorsque Paul prononce un discours sur le fait de ne pas rechercher le pouvoir et de vouloir seulement se battre à leurs côtés, Chani développe du respect pour lui.
Paul adopte les méthodes Fremen et apprend leur langue, passant des tests comme celui, ultime, de chevaucher un ver des sables. Il entretient une relation amoureuse avec Chani, devient un combattant Fedaykin et assiste lors des raids sur les récolteurs d'épices Harkonnen, gagnant les surnoms de "Muad'Dib" et " Usul" par lesquels les Fremen l'identifient. Jessica guide spirituellement son ascension et alimente ainsi la religion dont elle est devenue une figure marquante.
Rabban, dont l'emprise sur la production d'épices s'est relâchée, intensifie les raids contre les Fremen pour plaire à son oncle, le baron Vladimir Harkonnen, qui retourne dans son monde natal de Giedi Prime. Là, le plus jeune neveu du baron, Feyd-Rautha, combat dans des tournois de gladiateurs comme sport de sang préféré. Le baron rétrograde Rabban pour n'avoir pas réussi à arrêter les révoltes Fremen, faisant de Feyd-Rautha le nouveau dirigeant d'Arrakis. Margot Fenring, une acolyte du Bene Gesserit envoyée par la révérende mère Gaius Mohiam, séduit Feyd pour sécuriser ses gènes au cas où la lignée de Paul serait irrécupérable.
Jessica termine sa quête religieuse dans le Nord et voyage vers le Sud pour unir les fondamentalistes derrière Paul. Celui-ci est furieux de ses actions et craint qu'une guerre sainte, faisant des millions de morts comme il en fait souvent le songe, ne s'enflamme s'il se dirige vers le Sud en tant que messie. Paul reste dans le Nord pour continuer à combattre les Harkonnens et rester près de Chani. Paul retrouve Gurney Halleck, qui a rejoint les contrebandiers après la chute des Atréides. Voyant que Paul se prépare pour une guerre, Gurney le conduit aux ogives atomiques cachées de la Maison Atréides. Jessica apprend bientôt que l'Eau de Vie est un liquide excrété par un ver des sables adolescent une fois noyé. Les troupes de Feyd attaquent Sietch Tabr, tuant Shishakli et forçant les survivants, dont Paul, à se diriger vers le sud. Contre la volonté de Chani, Paul consomme l'Eau de Vie ; il tombe dans le coma mais est réveillé par Chani avec un sens plus clair du passé et du futur, voyant une vision de sa sœur Alia et réalisant que le baron est son grand-père maternel.
Les dirigeants Fremen du Sud espèrent que Paul défiera Stilgar pour le leadership. Acceptant enfin son destin messianique, Paul se déclare le Lisan al Gaib mais refuse d'écarter par la force un grand combattant tel que Stilgar. Il assume les pleins pouvoirs sur les Fremen et défie l'Empereur, qui arrive sur Arrakis avec Irulan, Mohiam et ses troupes Sardaukar. Paul interrompt la confrontation de l'empereur avec le baron en lançant les ogives atomiques sur la forteresse d'Arrakeen. Chevauchant des vers des sables, les Fremen dominent les forces de Sardaukar et franchissent les défenses d'Arrakeen ; Gurney tue Rabban qui fuyait.
À l'intérieur d'Arrakeen, Paul entre dans la salle du trône, tue le baron non sans lui murmurer "grand-père" à l'oreille et ordonne que l'empereur et les autres soient transportés à la résidence, où il menace de détruire à jamais l'épice planétaire avec les stocks atomiques restants à moins que l'empereur ne rende le trône impérial. Feyd-Rautha défie Paul au nom de l'Empereur dans un duel avec la lame de l'Empereur à la main, mais perd. Irulan propose alors sa main en mariage à Paul pour accepter sa victoire. N'ayant d'autre choix, l'Empereur cède à l'ultimatum de Paul en s'agenouillant devant la chevalière de Paul. Chani, irritée par la décision de Paul d'épouser Irulan, quitte la résidence et appelle un ver des sables, se préparant à le chevaucher. Au-dessus d'Arrakeen, des navires contenant de nombreuses Grandes Maisons refusent d'accepter l'ascendant de Paul, ce qui le pousse à ordonner à son armée Fremen de « les conduire au paradis ». Pendant ce temps, Jessica et Alia, à naître, pensent que c'est le début de la guerre sainte de Muad'Dib.
"Le pouvoir sur l'Épice est le pouvoir sur toute chose". Cette citation en pré-générique de la seconde partie est comme un rappel des enjeux de la première partie qui plaçait le contrôle de l'Épice au centre des combats. Dans cette deuxième partie, la bataille pour l'Épice fait juste l'objet de deux brefs combats au Nord de la planète. Car c'est bien plutôt la mystique Eau de Vie, un liquide bleu excrété par un ver des sables adolescent une fois noyé, qui est le catalyseur du devenir massianique de Paul sous le nom de Muad’Dib.
La mystique de l'Eau de Vie
L'Eau de Vie est réputée être un poison mortel pour les hommes et les personnes non entraînées. Elle est bue par Jessica afin de devenir la révérende mère de Dune. Ce faisant, elle hérite des souvenirs de chaque ancêtre féminine de sa lignée génétique et réveille prématurément l'esprit de sa fille, Alia, avant sa naissance. C'est ensuite Paul qui la boit afin d'avoir un sens plus clair du passé et du futur et comme une marche vers son destin. En effet, il tombe dans un coma qui serait mortel s'il n'était réveillé par Chani. Celle-ci réalise alors contre son gré une prophétie du Lisan al-Gaib qui prétend que les larmes du printemps du désert ressusciteront le prophète légendaire. Or Chini, surnommée "printemps du désert", en pleurs, se penche vers Paul et le réveille de ses songes. Dans ceux-ci, il a réalisé que le baron est son grand-père maternel ayant donné naissance à Jessica mais il est toujours hanté par cette vision effrayante de sa sœur Alia marchant devant lui au milieu des cadavres de la guerre sainte.
La guerre sainte aura lieu
La guerre sainte aura vraisemblablement lieu dans l'adaptation que donnera Villeneuve de Le messie de Dune (1969) la suite de Dune (1965). Il a en effet réduit la durée de cette deuxième partie, moins de neuf mois puisque Alia n'est toujours pas née, alors que, dans le roman, Paul mettait des années à soulever une armée pour vaincre les Harkonnen.
Villeneuve introduit le concept complètement nouveau d’une division idéologique entre les Fremen du nord et du sud d’Arrakis. Les fondamentalistes du Sud, fervents, croient à la prophétie de Lisan al-Gaib, et ils sont plus prompts à suivre Paul. Parmi eux se trouve Stilgar, qui vit dans le Nord mais qui porte avec lui sa foi profonde. Cependant, de nombreux habitants du Nord qu’il dirige, y compris Chani, sont plus sceptiques quant à la légende. Ils préfèrent croire que les Fremen se libéreront par eux-mêmes de la tyrannie des colonisateurs étrangers. Avec cette fracture, Villeneuve expose explicitement les critiques d’Herbert sur la montée fulgurante des dirigeants charismatiques. Une grande partie de ces critiques viennent de Chani. Elle n’a pas peur de repousser Paul, contrairement au livre, où elle et les Fremen sont de rapides adeptes. Ici, elle rappelle à son peuple que la prophétie Lisan al-Gaib, cultivée par le Bene Gesserit pendant des siècles, n’est qu’une autre façon d’asservir les Fremen. Comme elle le dit à Paul : "Dire aux gens qu’un messie viendra, c'est les contrôler."
Jean-Luc Lacuve, le 3 mars 2024.
Pour Jean-Michel Frodon sur Slate.fr " La plupart des références mobilisées par Denis Villeneuve se trouvent dans le roman de Frank Herbert (publié en 1965), qui fut déjà accusé d'un orientalisme discutable dans sa manière d'utiliser des éléments de cultures ainsi instrumentalisées, dans un récit où ce sont sans équivoque des héros blancs qui mènent le jeu (...) Dune: deuxième partie montre les habitants autochtones de la planète désertique Arrakis, les Fremen, menant une résistance acharnée contre l’occupation d’oppresseurs conquérants suréquipés et bardés de technologies guerrières, et qui ravagent leurs habitations sous des tapis de bombes (...) Les combattants se nomment «Fedaykin» (comment ne pas entendre «fedayin»?). Et les forces Fremen se partagent entre nationalistes plutôt progressistes et intégristes religieux. Ils se protègent de l’armée ennemie dans des grottes aux allures de tunnels sophistiqués (...)
Le chef mythique qui doit les mener à la victoire, qu’ils appellent «Mahdi» et qu’ils attendent selon des modalités qui rappellent clairement l’islam chiite, pourrait être l’étranger venu d’une autre planète (...) C’est lui qui déclare, au détour d’une scène dans laquelle on lui reproche d’utiliser la peur, que «quand on a peu de moyens, la peur est la seule arme dont on dispose», ce qui est littéralement la définition du terrorisme.(...)
Certes, l'affreux dictateur Vladimir Harkonnen, entouré de foules fanatisées et robotisées, peut aussi renvoyer à un dirigeant nord-coréen, à Vladimir Poutine ou à qui on voudra; et l'éloge de la résistance armée à l'occupation valoir aussi pour l'Ukraine.