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En l’an 2200, sur Noctis, capitale futuriste de Mars. Une jeune femme joue avec son chat androïde et reçoit la visite d'un homme qui la tue après quelques mots. Dans la baignoire, sa colocataire s'est plongée sous la mousse pour éviter d'être tuée.
Sur terre, Roberta Williams et LEM, son partenaire androïde, reçoivent une femme accompagnée de son androïde qu'elle prétend vouloir plomber, pratique interdite sous peine de déconstruction. En fait,cette "cliente" est Aline Ruby, détective privée et Carlos Rivera son partenaire androïde pourchasse Roberta et la capture pour la ramener sur mars. LEM a chuté du haut de l'immeuble, pour atterrir en pleine manifestation contre les robots et est immédiatement lynché, détruit. Roberta reconnaît avoir piraté l'entreprise de Royjacker, la plus grande de mars spécialisée dans la robotique après que celle-ci ait piraté ses serveurs. Elle estime avoir raison de libérer les robots. Juste avant l'embarquement pour Mars, Carlos revient avec un énorme pot de fleurs.
De retour à Noctis, la capitale martienne, Roberta est remise en liberté car son mandat d'arrêt a disparu. Aline est accueillie par Beryl l'ex-assistante androïde de Royjacker que celui-ci l'a mise à la retraite. Chris Royjacker, le PDG de l'entreprise éponyme et ami d'Aline qui l'avait chargée de l'enquête, refuse qu'elle s'acharne à retrouver Roberta et clôt le dossier.
Quelque temps plus tard, Aline et Carlos sont contactés par monsieur Chow dont la fille, Jun, et sa colocataire, Viger, ont disparu sans laisser de trace. Les enquêteurs se rendent sur le campus où les deux élèves étudiaient la robotique. Jun s'était déjà fait remarquer en déplombant, sans le vouloir, un robot qui s'était alors enfui. La police avait été prévenue mais l'androïde n'avait pas été retrouvé. Dans la chambre des filles où des coups de feu ont été tirés, Aline trouve une drogue de synthèse et Carlos le corps de la colocataire dans les conduits d'aération.
Aline rencontre les parents Viger et l'inspecteur Simon Gordaux chargé de l'enquête, qui analyse la drogue via un Organique, Gilbert, un organisme vivant chargé d'aider les hommes tout comme les robots, sans résultat. De son côté, Carlos tente de voir sa fille mais son ex-femme, Carol, refuse. En effet, Carlos était violent avant qu'il ne devienne un Sauvegardé et elle a refait sa vie avec un autre homme, Philippe qui jette le pot de fleurs que Carlos voulait offrir. La nuit, Gordaux informe Aline que le robot déplombé a été retrouvé mort, tué par des Augmentés dans les premières cités martiennes abandonnées depuis la création de Noctis. Tous sont surpris de découvrir que le robot avait entrepris la construction d'un vaisseau spatial.
Ayant été prévenus que Jun gagnait de l'argent illégalement, les deux détectives se tournent vers les maisons closes robotiques et finissent par la retrouver. Jun avait effectué une copie de son esprit sur un androïde qui se prostituait pour elle afin de payer son école et d'aider ses parents. Jun est cependant tuée sous les yeux d'Aline par les Augmentés qui avaient tué sa colocataire. Aline renonce à sa cure de sobriété et se remet à boire dans un bar où elle retrouve le beau professeur qu'elle avait déjà remarqué, Beryl lui conseille de rentrer chez elle. Carlos récupère un bras coupé par le double de Jun chez une Sauvegardée. Il est mort il y a cinq ans pendant l'insurrection de Novigrad. Ensuite, sans doute alerté par Beryl, Carlos récupère Aline chez le professeur encore saoule.
À l'enterrement de Jun, Aline comprend que l'homme qui s'était présenté comme M. Chow était un Augmenté qui s'était fait passer pour lui. Aline continue de boire plus que de raison ce que lui reproche Carlos. Elle sait que tout vient du déplombage du robot par June et souhaiterait rencontrer un spécialiste en piratage. Carlos propose de contacter Roberta. LEM a oublié l'épisode sur terre et se consacre comme tout robot déplombé à "baise et défonce toute la journée". Aline et Carlos lui montrent la vidéo du piratage de Jun. La hackeuse leur apprend que Jun n'a pas fait un déplombage (qui nécessite une intervention physique), mais un takeover logiciel (ou "piratage direct"). Cette manipulation très complexe permet de faire faire tout ce que l'on veut à une machine. Roberta Williams travaillait sur un programme de ce type avant de se le faire voler par Royjacker afin d'effacer toutes ses directives et de reprendre sa liberté. méthode de déplombage instantanée faisable à distance et transmissible entre robots, le "graal de tous les émancipateurs". June a dû bénéficier d'une aide, celle de Royjacker probablement.
Invitée à la fête donnée par Chris Royjacker pour la création de nouveaux Organiques militaires par son entreprise, Aline contemple la photo où Chris, Carlos et elle étaient amis lors de l'insurrection de Novgorod. Aline rencontre Janine, l'organique qui a remplacé Beryl, et Chris qu'elle confronte. Chris ne réfute pas ses accusations d'appropriation criminelle du takeover logiciel , la destruction des serveurs de Roberta et l'assassinat de Jun et demande à Aline de patienter trois jours, tout en lui intimant de ne pas chercher plus loin.
Aline et Carlos comprennent que Chris a terminé le programme de Roberta, mais son but reste inconnu. Ils vont voir le professeur qui explique que Jun , en parallèle à la prostitution de son double avait probablement loué son cerveau chez des Brain Farmers qui gagnent de l'argent auprès de personne ou de société voulant devenir, spécialiste d'un domaine ou terminer un projet, notamment en informatique. La drogue, les gamma, retrouvés chez Jun pourraient aussi être en rapport.
Aline et Carlos décident de s'infiltrer chez Cosy Corner, le plus important des Brain Farmers. Pendant que Aline détourne l'attention du commercial chargé de la convaincre d'utiliser ses services. Carlos confirme que Jun a bien travaillé là avec un flux entre elle et l'entreprise de Royjacker. Pour rester discrets, les Brain Farmers effacent la mémoire immédiate des "employés" mais la drogue trouvée par Aline (que Jun utilisait pour réviser) a réactivé inconsciemment ce sur quoi elle travaillait, et a permis à Jun de pirater le robot par takeover. Chris avait donc envoyé les Augmentés pour éviter que la police ne remonte jusqu'à son entreprise. Aline souhaite que l'inspecteur Simon Gordaux perquisitionne chez Cosy Corner mais celui-ci recule devant l'absence de preuve.
Sur le chemin du retour, Aline et Carlos sont attaqués par des hommes de Royjacker que le Sauvegardé tue, car il a demandé à Roberta de le déplomber sans le dire à sa coéquipière. Royjacker ayant détruit la "ferme" des Brain Farmers pour effacer ses traces, Aline et Carlos décident Roberta à les aider à s'infiltrer dans le commissariat pour récupérer la mémoire de Jun restée dans son double androïde.Aline devra le déplomber ce qu'elle apprend avec difficulté et un peu d'alcool sous la direction de Roberta, pendant que Carlos se laisse tenter par "une résonance", expérience sexuelle avec LEM en fille. L'attaque du commissariat suppose que Roberta entre dans le système informatique ce que Carlos rend possible en endormant Gilbert et Aline provoque l'incendie de la moto de Vlazek. Avec la drogue insérée dans le double, celle-ci se souvint qu'elle avait trouvé la séquence du takeover qui complétait le sien. Son déclenchement est prévu pour le soir même à 18h00, dans trois heures. La police venue à bout des entraves dressées sur leur chemin par Roberta abat alors le double et LEM chez Roberta.
Aline tente de prévenir les policiers sans succès et le programme, téléchargé par tous les robots via une mise à jour, les pirate. LEM est le dernier robot déconstruit avant que le takeover entre en action. Les robots marchent ensemble refusant d'obéir aux directives. Le double de Jun libère Aline, bientôt rejointe par Carlos (dont le modèle, trop ancien, n'a pas permis la mise à jour), Aline fonce chez Chris Royjacker. Pendant que Carlos se bat avec un Organique de combat, Aline prend Chris en otage : ce dernier lui explique que les Organiques ne se vendent pas et que la solution la plus simple est de se débarrasser des robots classiques afin que les consommateurs n'aient plus d'alternative. C'est Beryl qui a décidé d'inoculer la foi aux robots pour aller se suicider dans l'espace.. Il n'a plus le contrôle sur la stratégie de son entreprise et le comportement des robots. Dans un dernier espoir, Chris contacte ses actionnaires qui décident de se débarrasser d'Aline quitte à tuer Chris. Ses hommes tirent ainsi tuant Aline. Carlos arrive trop tard et voit son amie mourir. Malgré les protestations de Chris, il le tue.
Sans repère, Carlos se rend chez son ex-femme mais se fait tirer dessus par Philippe. Comprenant que tous le voient comme un androïde violent, il décide de suivre volontairement ses semblables. Le takeover leur ayant donné l'ordre de se rendre vers une planète inconnue, les robots téléchargent leur programme dans des vaisseaux de transport et partent dans l'espace, sur la foi que cela les conduira vers une nouvelle civilisation, mais bien plus certainement à la mort.
Si le film appartient sans contestation au genre de la science-fiction, il est aussi un film noir, très noir. Les héros principaux meurent ainsi Jun Chow, l'étudiante qui avait retrouvé le code du takeover et libéré le robot préparant une ingénierie artisanale de vaisseau spatiale; Aline tuée par les hommes de Chris Royjacker, devenu le pantin de ses actionnaires et enfin Carlos qui désespéré se livre au suicide collectif comme ses congénères empoisonnés par "la foi", l'espoir insensé que leur a inculqué Beryl. Ce sont donc les richissimes actionnaires promoteurs des organiques (Gilbert, Jeanine, le monstre de guerre) qui vont plus que jamais dominer La terre (devenu "un clapier à chômeurs") du fait de l'IA et Mars bientôt, dominée de la même manière.
L'animation est fluide et les personnages sont bien dessinés au propre comme au figuré. Aline est une détective opiniâtre assez éloignée des archétypes masculins du genre, alcoolique en rémission, elle replonge lorsque Jun meurt sans qu'elle ait pu la protéger. Elle n'est pas insensible au charme du beau professeur et passe une nuit avec lui pendant que la maîtresse cybernétique de celui-ci lave sa veste.
Carlos est un Sauvegardé, un cerveau d'homme mort dans un corps cybernétique. Comme ses congénères sa tête flotte au dessus de son corps, se dote d'outils de détection ou se met en sommeil lorsqu il devrait obéir à une directive qui lui déplaît (relâcher Roberta) Carlos est un vieux modèle, un "vigile 2", ce qui ne permet pas la mise à jour logiciel du takeover. Contrairement au Murphy de Robocop, il n'arrive pas à renouer avec celle qui fut sa femme dont il était séparé pour violence. Non dénué d'humour, (le même slip depuis cinq ans) il peut se livrer aussi aux expériences sexuelles des robots déplombés, la résonance.
Ray Royjacker est le troisième membre de l'équipe d'amis qu'il formait avec Aline et Carlos au moment de l'insurrection de Novgorod et dont témoigne la photo restée sur le mur de son bureau. En manipulant ses anciens amis, il est responsable de la mort d'Aline et Carlos le tue.
Montage alterné halatant avec l'attaque de portes du commissariat et récupération du takeover qui renvoie, masque à l'appui à Mission impossible. Le décollage vers une destination au-delà des étoiles renvoie à 2001 l'odyssée de l'espace et la relation homme machine aux différentes versions de Ghost in the shell.
Jean-Luc Lacuve, le 3 juillet 2026