A Beyrouth, cinq femmes se croisent régulièrement dans un institut de beauté, microcosme coloré où plusieurs générations se rencontrent, se parlent et se confient. Layale est la maîtresse d'un homme marié. Elle espère encore qu'il va quitter sa femme. Nisrine est musulmane et va bientôt se marier. Mais elle n'est plus vierge et s'inquiète de la réaction de son fiancé. Rima est tourmentée par son attirance pour les femmes, en particulier cette cliente qui revient souvent se faire coiffer. Jamale est obsédée par son âge et son physique. Rose a sacrifié sa vie pour s'occuper de sa soeur âgée. Au salon, les hommes, le sexe et la maternité sont au coeur de leurs conversations intimes et libérées.

Sur le chemin qui mène au cimetière du village, une procession de femmes en noir affronte la chaleur du soleil, serrant contre elles les photos de leurs époux, leurs pères ou leurs fils. Certaines portent le voile, d’autres une croix, mais toutes partagent le même deuil, conséquence d’une guerre funeste et inutile. Arrivé à l’entrée du cimetière, le cortège se sépare en deux : l’un musulman, l’autre chrétien. Avec pour toile de fond un pays déchiré par la guerre, Et maintenant on va où ? raconte la détermination sans faille d’un groupe de femmes de toutes religions, à protéger leur famille et leur village des menaces extérieures. Faisant preuve d’une grande ingéniosité, inventant de drôles de stratagèmes, unies par une amitié indéfectible, les femmes n’auront qu’un objectif : distraire l’attention des hommes et leur faire oublier leur colère et leur différence. Mais quand les événements prendront un tour tragique, jusqu’où seront-elles prêtes à aller pour éviter de perdre ceux qui restent ?

À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.