Sur l'île d'Amami. Un soir d'été, à l'approche du typhon, un cadavre a été retrouvé sur la plage de Yoan. Est-ce un accident ou une affaire criminelle ?
Kaito, 16 ans, rentre déjeuner seul chez lui le midi, sa mère l'averti au téléphone qu'elle va rester travailler tard. Sa jeune amie, Kyoko, préfère plonger toute habillée pour observer les fonds marins. Il la rejoint et ensemble déjeunent au café des parents de Kyoko. La mère de Kyoto, chamane est gravement malade. La chamane de Sani peine à la consoler en lui rappelant que les habitants vivent en harmonie avec la nature, qu'un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante.
Kyoto rend visite à sa mère à l'hôpital. Celle-ci veut rentrer chez elle pour mourir. La chamane vit sur le seuil entre les dieux et les hommes. La mort ne lui fait pas peur. Kaito vient chercher Kyoko à la sortie de l'hôpital et ils vont au bord de la mer. Kyoko compare la communion avec la mer à ce que doit être l'étreinte sexuelle et déclare son amour pour Kaito. Il lui affirme un sentiment réciproque et els deux adolescents se souhaitent bonne nuit.
Le lendemain, le père prépare le retour de sa femme en disposant son lit pour qu'elle voie l'immense banian devant la mer.
Kaito fait par à sa mère de son désir de revoir son père. Elle lui promet le billet d'avion. Kaito voit ainsi son père, Astsushi qui tient un atelier de tatouage, et tente vainement de lui expliquer pourquoi il a quitté sa femme, Misaki.
Kaito est hanté par des cauchemars au sujet du noyé qu'il voit tatoué. Kyoto va l'aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adulte et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l'amour…