Août 1914. Samuel Sayer est le pasteur d'une congrégation anglicane dans le village reculé de Kungdu en Afrique orientale allemande (aujourd'hui l'essentiel de la Tanzanie). Il est secondé par sa sœur Rose, quadragénaire et célibataire. Leur seul contact avec l'Empire britannique est le passage régulier de Charlie Allnutt, un baroudeur canadien. Il fait le coursier avec son bateau l'African Queen sur la rivière pour le compte d'une exploitation minière belge. Samuel et Rose tolèrent non sans mal son attitude fruste et parfois grossière.
Charlie vient les avertir que la guerre a éclaté entre l'Allemagne et la Grande-Bretagne. Les Sayers choisissent de rester, mais c'est pour assister à l'arrivée des Allemands qui réquisitionnent les indigènes et brûlent le village. Samuel proteste, mais il est frappé par un soldat allemand. Après le départ des soldats, Samuel est atteint de fièvre et meurt. Charlie revient peu après, et aide Rose à enterrer son frère. Charlie craint la menace de répressions allemandes envers les britanniques, à cause de la déclaration de guerre du Royaume-Uni à l'Allemagne. Il convainc Rose de se cacher le temps que les hostilités s'apaisent, et partent ensemble sur l'African Queen.
Charlie indique à Rose que les Allemands disposent d'une canonnière, le Louisa, qui patrouille sur un grand lac en aval, et empêche toute contre-attaque britannique. Rose dont la vocation religieuse n'a nullement altéré le patriotisme, réussit à convaincre Charlie de se servir des explosifs qu'il a dans son bateau pour attaquer une canonnière allemande, la Luisa, sur un grand lac, à quelques centaines de kilomètres. Charlie fait observer que la navigation sur la rivière Ulanga serait suicidaire, car il faut passer au pied d'un fort allemand et franchir trois séries de rapides dangereux. Mais Rose insiste et obtient gain de cause.
Charlie espérait que Rose se découragerait au premier obstacle, mais elle reste confiante et rappelle à Charlie qu'il a promis d'aller au bout du plan établi. La première série de rapides s'avère assez facile, ils la franchissent en embarquant un minimum d'eau. Rose et Charlie tentent ensuite de se camoufler pour passer devant le fort allemand, mais les soldats leur tirent dessus, tirant deux balles dans un tuyau de sortie de la chaudière, ce qui fait tomber la pression et arrête le bateau. Charlie réalise une réparation de fortune avant d'entrer dans la deuxième série de rapides où le bateau embarque beaucoup d'eau.
Tout à la célébration d'avoir franchi les rapides Charlie et Rose tombent dans les bras l'un de l'autre. Gênés, ils se séparent un instant, mais finalement reconnaissent leur relation amoureuse. Le couple décide de s'arrêter pour vidanger le bateau et charger du bois destiné à alimenter la chaudière. De retour sur le fleuve, Charlie et Rose regardent les crocodiles sur la rive, lorsqu'ils entrent dans la troisième série de rapides. Il y a un grand bruit métallique quand le bateau franchit les chutes. Ils abordent la rive pour examiner les dégâts. Charlie plonge sous le bateau pour trouver l'arbre d'hélice tordu et une pale arrachée. Heureusement, avec ses compétences et les suggestions de Rose, il parvient à redresser l'arbre et souder une nouvelle lame à l'hélice.
Tout semble perdu lorsque Charlie et Rose se perdent et que le bateau s'enlise dans la boue au milieu de roseaux près de l'embouchure de la rivière. Charlie essaie de tirer le bateau, mais il est couvert de sangsues et échoue. Sans vivres et sans eau potable, Charlie frappé par la fièvre, ils pensent qu'ils n'ont aucun espoir de survie. Avant d'aller dormir, Rose prie qu'elle et Charlie soient admis au Paradis. Pendant qu'ils dorment épuisés, de fortes pluies font s'élever le niveau de la rivière et permettent à l'African Queen de flotter de nouveau. Ils atteignent le lac qui était tout près et évitent de peu d'être repérés par le Louisa.
Pendant la nuit, ils convertissent des réservoirs d'oxygène en torpilles avec de la gélinite et des détonateurs improvisés avec des clous et des percuteurs à base de cartouches de fusil. Ils attachent les torpilles sur la coque de l'African Queen. Profitant d'une tempête, ils poussent le bateau dans le lac avec l'intention de percuter le Louisa. Malheureusement, les fixations des torpilles lâchent et l'eau envahit le bateau qui sombre.
Charlie est capturé et emmené à bord du Louisa, où il est interrogé par le capitaine. Pensant que Rose s'est noyée, il se défend mal contre les accusations d'espionnage et il est condamné à mort par pendaison. Cependant, Rose est capturée elle aussi. Charlie prétend ne pas la connaître pour la protéger. Mais Rose avoue fièrement le rôle qu'elle a joué. Le capitaine la condamne aussi à mort pour espionnage. Charlie demande au capitaine de les marier avant l'exécution. Après une brève cérémonie de mariage, les Allemands se préparent à pendre le couple, quand une explosion soudaine retentit. Le Louisa a heurté la coque renversée de l'African Queen et fait exploser les torpilles. Le Louisa coule. Le plan de Rose a réussi, même si c'est de justesse. Le couple nouvellement marié rejoint la rive à la nage et la sécurité du Kenya.
Même si l'action se déroule au début de la première guerre mondiale, il s'agit surtout d'un film d'aventures où un homme et une femme de caractères opposés, lui fruste et bourru, elle délicate et un peu coincée, vivent une histoire très forte, apprennent à s'apprécier et finissent par s'aimer. Histoire d'amour scellée pendant qu'elle tient la barre et qu'il répare
la chaudière sous les trombes d'eau des rapides.
Plusieurs miracles : allemand ébloui, le déluge qui sort le bateau de la vase et les torpilles
Humour des
dialogues : "Je n'aurais jamais pensé qu'un effort physique puisse
donner autant de plaisir. Il est bien rare que j'aie ressenti une émotion
pareille dans ma vie. Quelquefois, quand mon père était particulièrement
inspiré et qu'il nous faisait un bon sermon"." Miss vous
êtes trop sévère"; "Je vous déclare mari
et femme, procédez à l'exécution".