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Moscou. Après avoir neutralisé Kirill, Jason Bourne, blessé et ayant des flashbacks du moment où il a rejoint Treadstone, parvient à échapper à la police après s'être soigné et quitte la capitale russe. Six semaines plus tard, au siège de la CIA à Langley, Pamela Landy fait écouter l'enregistrement audio de la confession de Ward Abbott, l'ancien chef de Treadstone2, au directeur Ezra Kramer. Au même moment, un journaliste britannique du Guardian, Simon Ross, se rend à Turin pour y rencontrer un informateur qui lui parle de Bourne et de l'opération Blackbriar, qui a succédé à Treadstone. La CIA se met à suivre Ross dès son retour à Londres, après que son appel téléphonique où il mentionne Blackbriar a été détecté par l'agence grâce au système Echelon. Bourne se rend à Paris afin d'y informer Martin, le frère de Marie Kreutz, de l'assassinat de cette dernière en Inde2.
Bourne lit les articles de Ross et organise une rencontre avec le journaliste à la gare de Waterloo. Au lieu dit, Bourne remarque que Ross est suivi par des agents de la CIA et l'aide pendant un certain temps à leur échapper, avant que le journaliste, paniqué, ne se fasse assassiner par un homme de Blackbriar, Paz, en plein public, sur ordre du directeur des opérations spéciales, Noah Vosen. L'équipe de Vosen, assisté à contrecœur par Landy, analyse les notes de Ross et découvre que la source est Neil Daniels, un chef de station impliqué dans Treadstone et Blackbriar. Grâce au carnet de notes de Ross qu'il a récupéré après sa mort, Bourne découvre une adresse à Madrid, qui sert de couverture à la CIA. Lorsqu'il débarque, Bourne trouve les lieux vides. Vosen envoie des hommes pour retrouver Daniels, mais ils sont neutralisés par Bourne. Nicky Parsons, l'ancienne technicienne de Treadstone à Paris, arrive et décide d'aider Bourne à échapper à une unité de la CIA, tout en lui avouant que Daniels se trouve à Tanger avec des dossiers sur Blackbriar. Sur place, ils découvrent qu'un autre homme de Blackbriar, Desh, est chargé de tuer Daniels. Vosen apprend que Parsons utilise son accès d'autorisation officielle de la CIA afin de localiser Daniels et d'envoyer un faux message à Desh. Il décide également de faire éliminer Bourne et Parsons par Desh, ce que désapprouve fortement Landy. Bourne suit Desh, mais ne peut empêcher Daniels d'être tué par une bombe. Cependant, il parvient à neutraliser Desh avant qu'il n'essaie de tuer Nicky. Bourne décide d'envoyer Nicky, qui semble avoir des sentiments pour lui, en clandestinité pour sa sécurité. À la morgue de Tanger, Bourne examine le contenu de la mallette de Daniels et trouve l'adresse d'un bureau de la CIA à New York, où Vosen dirige Blackbriar.
Bourne se trouve à New York et appelle Landy sur son portable, qui lui révèle sa véritable identité, David Webb, ainsi que sa date de naissance3. Vosen intercepte l'appel. Landy reçoit un message de Bourne lui indiquant un endroit pour la rencontrer, tandis que Vosen, découvrant ce message, décide de la faire suivre par son équipe. Mais il s'agit d'une ruse de Bourne afin d'entrer dans le bureau de Vosen afin de voler dans un coffre-fort les documents classées de Blackbriar. Se rendant compte qu'il a été berné, Vosen envoie Paz à la chasse du fugitif, mais Bourne prend le dessus au cours d'une course-poursuite en voiture, puis décide d'épargner la vie de Paz, blessé.
Bourne arrive dans un immeuble située au 415 East 71st Street, en ayant compris le message codé de Landy concernant sa date de naissance. Il y retrouve Landy et lui confie les dossiers de Vosen avant d'aller à l'intérieur afin d'en finir. Vosen met en garde le docteur Albert Hirsch, qui a soumis Bourne à un traitement pour Treadstone et retrouve la trace de Landy. Il la suit, mais ne peut empêcher Landy de faxer les documents. Bourne retrouve Hirsch et se souvient qu'il s'est porté volontaire pour Treadstone. Toutefois, Bourne est pourchassé par Paz sur le toit, mais parvient à le convaincre de baisser son arme en répétant les derniers mots d'un homme de Treadstone sur ce que font les tueurs4. Vosen débarque et tire sur Bourne au moment où il saute dans l'East River.
Quelque temps plus tard, une enquête est ouverte à la suite des révélations des documents de Blackbriar, qui conduit à l'arrestation de Hirsch et Vosen et sur la révélation de l'implication de Kramer. Nicky, qui regarde le journal télévisé parlant de cette affaire, apprend que le corps de Bourne n'a pas été retrouvé trois jours après les évènements. La jeune femme sourit, comprenant que Bourne est toujours en vie. En effet, Bourne a survécu à sa chute et s'est échappé en nageant loin dans l'East River.
Jason Bourne ne voulait qu'une chose : disparaître. Mais le voilà traqué par ceux qui ont fait de lui un espion et un assassin. Après avoir perdu la mémoire et la seule femme qu'il ait jamais aimée, Bourne affronte une nouvelle génération de tueurs super-entraînés et prêts à tout pour l'éliminer. Indifférent à leurs attaques, il poursuit sa route sous un déluge de balles. Son seul objectif : découvrir l'homme qu'il fut jadis.
Il fait partie de la série de films inspirée des romans de Robert Ludlum et débutée avec La Mémoire dans la peau en 2002. Bien qu'il s'agisse du troisième volet de la saga, l'histoire de La Vengeance dans la peau s'insère entre l'avant-dernière scène (celle où Bourne est à Moscou) et la dernière scène (Bourne appelant Landy sur son portable qui lui dévoile sa véritable identité) de La Mort dans la peau