À la fin du XVIIIe siècle, l'inquisition s'inquiete des gravures du recueil des Caprices de Goya ridiculisant l'inquisition. Frère Lorenzo trouve que Goya décrit bien l'état de décrépitude de l'église et propose de revenir à plus de sévérité. Il a par ailleurs commandé son portait à Goya et trouve bien séduisante sa jeune modèle dont il voit un portrait dans son atelier et qu'il pense être une prostituée qui a servi d'inspiration à d'autre peintures de Goya, notamment dans une célèbre église.
Lorenzo forme des prêtres inquisiteurs à reconnaitre les hérétiques judaïques et protestants. L'un des prêtres repère dans une taverne Inès qui refuse un plat de porc particulièrement gras et s'amuse à embrasser le pied d'un nain.
Le lendemain, Inès est convoquée par le saint office à la grande inquiétude de ses parents. Inès doit subir la question et avoue. Son père, désespéré, demande à Goya d'intervenir auprès de Lorenzo. Goya refuse et se consacre à son travail, une eau forte représentant un être torturé, Jésus en croix. Lorsque Lorenzo vient le voir pour admirer son portrait terminé, Goya lui demande d'intervenir en faveur d'Inès. Lorenzo accepte. Lorsqu'il retrouve Inès au fond d'un cachot, elle est nue et désespérée. Il la viole.
Lorsqu'il est invité chez les Bilbatua, ceux-ci se montrent d'abord courtois mais lorsque Bilbatua comprend qu'il ne pourra rien obtenir des certitudes de Lorenzo, il le soumet à la question pour qu'il signe un papier blasphématoire qu'il menace de montrer au grand inquisiteur si sa fille n'est pas libérée. Lorenzo parle en ce sens au général inquisiteur qui refuse, par antipathie pour lui, de gracier Inès.
Bilbutia montre alors le texte hérétique de Lorenzo au roi qui le transmet au général inquisiteur qui ordonne l'arrestation de Lorenzo. Celui-ci s'est enfui. Son portrait, non payé à Goya, est brulé en place public. Heureusement, Goya est très content de son Portrait équestre de Marie-Louise. Mais il n'a pourtant pas su comprendre que la reine voulait un portrait séduisant. Elle est très fâchée du résultat. Pour le punir, le roi lui impose une séance de violon particulièrement mal jouée. Mais un drame bien plus terrible est annoncé au roi : Louis XVI, son frère, vient d'être guillotiné à Paris.
Quinze ans plus tard. Les troupes napoléoniennes qui pensaient entrer en Espagne accueillies comme des libérateurs doivent faire face à une résistance à laquelle, leurs mercenaires, les mamelouks, répondent avec brutalité. Goya est sourd mais a assisté aux massacres des 2 et 3 mai 1808. Le général ordonne l'ouverture des prisons du saint office et Inès en sort, le corps et l'esprit ébranlé. Sa famille a été entre-temps massacrée par les gardes révolutionnaires Elle demande à Goya de l'aider à retrouver son enfant à qui elle a donné naissance en prison.
En enquêtant sur l'enfant, Goya tombe sur un procureur installé par les Français et reconnaît en lui Lorenzo. Celui-ci, désormais marié et père de famille, s'efforce de se débarrasser des témoins de son passé, y compris d’Inès qu'il enferme dans un asile de fous. Mais Goya découvre une prostitué qui ressemble à Inès, c'est Alicia. Il s'en ouvre à Lorenzo qui s'efforce de la faire disparaitre en l'envoyant comme prostituée en Amérique. Mais Wellington arrive et c'est lui qui doit à nouveau affronter le grand inquisiteur. Il refuse de faire pénitence et est garrotté en place publique sous les yeux d'Inès, qui a récupéré l'enfant abandonné d'une prostituée, et d'Alicia compagne d'un officier anglais.
Goya suit le chariot portant le corps de Lorenzo auquel Inès donne la main en portant le bébé qu'elle croit être le sien : ce sont les fantômes de Goya.
Désinvolture dans la datation, Les Caprices (Los Caprichos), recueil de gravures à l'eau-forte et à l'aquatinte censurés sous la pression de l'Inquisition sont publiés en 1799. C'est également en 1799 que Goya peint Le portrait équestre de la reine Marie Louise apres avoir reçu sa nomination de premier peintre du roi. Pourtant l'action de la première partie se passe en 1792 avec une fin en janvier 1793 lorsque Charles IV apprend l'exécution de Louis XVI. L'épisode quinze ans après se situe bien 1808 lors de l'invasion de l'Espagne par les troupes de Napoléon.
Renversement permanant des situations, duplicité héroïque de Lorenzo cherchant à concilier ou séquence de l'accueil courtois transformé en séance de torture par le père d'Inès.
Le peintre joue un rôle secondaire, le plan final le montre suivant les deux personnages principaux Inès et Francisco qui sont "les fantômes" de Goya. Ils font d'ailleurs l'objet de deux toiles inventées, procédé rarissime, ajouté au corpus des œuvres de Goya.Le génarique final, successions de tableaux célèbres de Goya laisse néanmoin entendre que La laitière de Bordeaux (1827) sert plus ou moins de modèle à Ines.