En 1821, l'armée mexicaine est sur le point de libérer Mexico du colonialisme espagnol. Vers Las Californias, le cruel gouverneur espagnol Don Rafael Montero est sur le point d'être renversé. Dans un dernier effort pour capturer Zorro, son ennemi juré, il prépare l'exécution de trois innocents. Zorro libère les prisonniers, mais déjoue le piège tendu par Montero grâce à deux frères orphelins, Joaquin et Alejandro Murrieta. Il les récompense en leur donnant un médaillon lui appartenant et s'échappe sur son cheval, Tornado, après avoir marqué d'un Z le cou de Montero avec son épée.
Cependant, la nuit suivante, Montero arrive à la maison de Zorro, ayant déduit que la réelle identité de ce dernier est Don Diego de la Vega, un noble espagnol marié à Esperanza, la femme que Montero a toujours désirée. En essayant d'arrêter Diego, un combat s'ensuit durant lequel Esperanza est tuée en tentant de protéger Diego. La maison de Diego est brûlée et sa fille, Elena, est ramenée en Espagne par Montero pour être élevée comme sa propre fille alors que Diego est jeté en prison.
Vingt ans plus tard, les frères Murietta, adultes, sont devenus des bandits. A la suite de leur dernier forfait effectué avec leur complice Jack "les trois doigts", la bande tombe sur une compagnie dirigée par un sadique capitaine de l'armée américaine, Harrison Love. Celui-ci, commandant en chef de la garde de Montero, décapite Joaquín Murrieta sous le regard impuissant de son frère Alejandro qui a pris la fuite et a récupéré le médaillon de Zorro qu'il portait.
La nuit suivante, Montero, escorté par le capitaine, débarque secrètement en Californie, cherchant à voir Diego dans sa prison. Bien que Diego soit là, Montero ne le reconnaît pas (les autres détenus se dénonçant à sa place). La réapparition de Montero motive de la Vega à échapper à la captivité et il s'évade un peu plus tard, avec l'intention de tuer Montero le jour suivant lors de la cérémonie publique en l'honneur de son retour. Cependant, Diego se retient lorsqu'il aperçoit Elena devenue une très belle jeune femme. Elena se voit offrir un bouquet de fleurs locales, des Romagnas, dont elle reconnaît l'odeur, même si elle croit à tort n'être jamais venue en Californie.
Plus tard, Diego rencontre Alejandro, qu'il reconnaît à la médaille qu'il avait offerte à Joaquin. Devenu alcoolique, Alejandro ne s'est pas remis de la mort de son frère et rêve de vengeance. Diego décide de faire d'Alejandro son protégé afin qu'ils combattent leurs ennemis respectifs, Montero et Love. Alejandro accepte de suivre le programme d'entraînement de de la Vega dans la grotte secrète de Zorro sous les ruines de son domaine familial pour pouvoir se venger. Alejandro souhaite succéder à de la Vega dans le rôle de Zorro.
Alors qu'il est encore en formation, Alejandro se rend en ville et croise furtivement Elena en chemin pour aller récupérer un étalon noir andalou, semblable à Tornado, le cheval de Zorro. Il réussit son forfait au prix d'un combat homérique et en faisant tout exploser autour de lui. Cherchant à échapper au Capitaine Love, Alejandro cherche refuge dans une église, avec l'assistance du Père Felipe, un vieil ami de Zorro. Alejandro se cache dans le confessionnal où Elena révèle, croyant parler au prêtre, son engouement pour le mystérieux bandit qu'elle vient de rencontrer.
À son retour, Diego réprimande Alejandro, affirmant que Zorro est un serviteur du peuple et non un voleur et un aventurier. Diego explique à Alejandro qu'afin de gagner la confiance de Montero, il doit passer pour un gentleman plin de charme. Alejandro se fait passer pour un noble en visite nommé Don Alejandro del Castillo y García, avec de la Vega comme son serviteur, nommé Bernardo. Il participe ainsi à une fête dans l'hacienda de Montero, où il gagne rapidement l'admiration d'Elena et la confiance de Montero qui l'invite à une réunion secrète. Dans cette réunion, Montero fait part de ses plans de reprendre la totalité de la Californie pour les aristocrates et à la proclamer république indépendante en l'achetant au général Santa Anna, qui a besoin d'argent pour la prochaine guerre américano-mexicaine.
Le jour suivant, Alejandro et les aristocrates sont emmenés par Montero à la mine d'or secrète connue comme l’El Dorado, où les paysans et les petits criminels, sont utilisés comme travailleurs forcés. Le plan est d'acheter la Californie à Santa Anna en utilisant de l'or qu'il dit venir d'Espagne mais qui est en fait extrait de ses propres terres. Mais la visite est perturbée par Jack "les trois doigts", travailleur forcé, qui est abattu par Love, à nouveau sous le regard impuissant d'Alejandro. Le capitaine convoque ce dernier dans son bureau au retour pour l'interroger, mais le laisse repartir ayant échouer à la fairesortir de ses gongsen lui présentant la tête de son frère conservée dans de l'alcool. Pendant ce temps, Diego profite de cette opportunité pour se rapprocher d'Elena, sous l'identité du serviteur Bernardo, apprenant que Montero a dit à Elena que sa mère est morte en couches. Plus tard, Elena fait la rencontre sur le marché d'une femme qui a été sa nourrice et avait l'habitude d'accrocher des Romagnas sur son lit d'enfant.
Diego autorise Alejandro, sous l'identité de Zorro, à voler la carte de la mine d'or dans l'hacienda de Montero. Afin de détourner l'attention, Diego officialise le "retour" de Zorro à proximité de l'hacienda de Montero en allumant un grand feu qui dessine la lettre Z. Terrifiés à l'idée de la réaction de Santa Anna au cas où Zorro viendrait à découvrir qu'il est payé avec de l'or lui appartenant déjà, Montero et le Capitaine Love décident de détruire la mine et d'en tuer tous les mineurs, afin de faire disparaître toute preuve. Ayant de son côté réussi à dérober les plans, Alejandro/Zorro se bat en duel avec Montero, le Capitaine Love et leurs gardes. Puis, il s'enfuit vers l'étable où il est confronté à Elena qui cherche à récupérer la carte appartenant à son "père". Alors qu'Elena fait preuve d'une bonne habileté à l'épée, Zorro arrive à la vaincre et coupe son corsage avec son épée, la laissant en sous-vêtements. Après un baiser passionné, Zorro s'enfuit de l'étable et se débarrasse de ses poursuivants.
Le lendemain, Zorro utilise la carte volée pour localiser la mine afin de libérer les travailleurs. Diego dit à Zorro de faire le travail seul afin qu'il puisse affronter Montero et récupérer sa fille Elena. Alejandro part pour la mine, se sentant trahit par la vendetta personnelle de Diego. Plus tard dans la nuit, Diego affronte Montero et lui demande de révéler sa véritable identité à Elena. Il est cependant fait prisonnier par Montero qui le menace de le tuer devant sa fille. Alors que les gardes l'escortent, Diego dit à Elena le nom des fleurs qu'elle a reconnu à son arrivée en Californie, la faisant réaliser qu'il est son vrai père. Le matin suivant, une fois Montero et Love partis, elle libère Diego de sa cellule et ils vont à la mine.
Là-bas, l'équipe de Montero finit de charger l'or dans un wagon, enferme les travailleurs dans leurs quartiers et préparent des charges explosives. Zorro intervient, bloque le dernier chargement d'or vers le wagon et provoque Love en duel à mort. Diego empêche Montero de tirer sur Zorro et se bat en duel avec lui. Après qu'il a désarmé l'ancien gouverneur, Elena lui demande d'épargner la vie de son ennemi. Ce dernier en profite pour menacer la jeune femme et blesser Diego. Zorro vainc Love à l'issue d'un long combat à l'épée. Son mentor, mortellement blessé, arrive également à vaincre Montero en le faisant tomber avec la bride d'un chariot plein d'or, écrasant Love par la même occasion. Elena et Alejandro, maintenant sans son masque, libèrent les travailleurs captifs avant que la mine n'explose.
Avant de mourir dans leurs bras, Diego encourage Elena à continuer deressembler à sa mère et offre à Alejandro lamain de sa fille. Dans l'épilogue du film, Alejandro et Elena se sont mariés et ont reconstruit la demeure des De la Vega. Ils ont eu un fils, nommé Joaquin, en l'honneur du frère d'Alejandro etqui serra peut-être un jour orroso le peupleà besoin de lui.
En renouvellant le mythe de Zorro, Martin campbelle signe un des derniers grands films de cape et d'épé.