Pierre van Groot, maître-batelier brugeois, fait, deux fois par an, avec ses deux péniches, L'Hirondelle et La Mésange, le transport de charbon et de matériaux de construction de France en Belgique où tout est à reconstruire après la guerre. Sa famille se compose de son épouse, Griet, surnommée "L'hirondelle ", et de la sur de cette dernière, Marthe, surnommée "La mésange" ainsi que d'un chien et un canari. Leur vie se déroule calme et tranquille au fil de l'eau.
A Anvers, Pierre van Groot complète ses modestes revenus en "passant" clandestinement des pierres précieuses en France. Son trafic est cette fois observé par Michel Geneven qui voit un diamantaire entrer dans la cabine de Pierre. Les deux hommes comptent en effet des diamants et signent le contrat clandestin de transport.
Quand Pierre cherche un nouveau pilote à Anvers, c'est Michel Geneven qui se présente avec de solides références de marin. Enchanté Pierre l'emmène avec lui, sa femme et sa belle-sur pour la fête L'ommeganck où défilent les grosses têtes du carnaval. Puis c'est le départ pour la France : la grande écluse vers les canaux de l'intérieur, l'Escaut, Le pont de Bornheim, Bruges, Gand, Bruxelles, Mons et Charleroi.
Pierre et Michel s'entendent très vite. Les jours passent. Marthe est attirée par Michel et Pierre s'empresse pour que les fiançailles se fassent dès qu'ils auront franchi la frontière. Griet est plus réservée ayant remarqué l'attitude ambiguë de Michel à son égard. Marthe est rêveuse et amoureuse et ne s 'inquiète pas des questions de Michel sur le transport de marchandises en contrebande.
Juste avant la frontière, Pierre cache les diamants sous la ligne de flottaison du gouvernail. Il est observé par Michel. Un peu plus tard celui-ci observe la cachette avec insistance ce qui ne manque pas d'inquiéter Griet. Le soir Michel surprend Griet couvrant sa peau nue de la dentelle achetée en contrebande à Anvers ce qui pousse à son comble son désir pour la jeune femme.
Ainsi, lorsque Pierre et Marthe s'en vont faire des achats en ville, il se précipite vers Griet en fond de cale à ramasser du charbon et la serre contre lui. A cet instant Pierre et Marthe reviennent. Lors du repas du soir Michel sort son couteau s'attendant à être pris à parti par Pierre. Mais Griet n'a rien dit. Un peu plus tard pourtant, elle raconte l'incident à Pierre. Ce dernier veut renvoyer Michel. Griet l'en dissuade : il connaît la cachette des diamants.
La frontière est passé sans encombre et Michel emmène Pierre dans un cabaret réputé pour le saouler. Michel feint d'être ivre mais suit Pierre qui se précipite vers la cachette des diamants. Pierre et Michel se battent. Michel sort son couteau mais Pierre réussit à le pousser dans l'eau. Avec la longue perche aux crocs aigus, Pierre enfonce Michel dans la vase sous les yeux de Griet qui s'est levée. Tout redevient calme et Marthe ne s'est pas réveillée.
Sur les canaux de France, "L'Hirondelle" et "La Mésange" avancent lentement sur l'eau qui garde son secret.
A la fin de l'été 1920, André Antoine tourne en Belgique L'hirondelle et la mésange. Surpris par le caractère documentaire du matériel, le distributeur, Charles Pathé, refuse présenter le film en salle. Une version est montrée une seule fois au Club français du cinéma le 5 juin 1924 au Colisée à Paris, puis la copie disparaît.
En 1982, la cinémathèque française retrouve dans ses dépôts le négatif de L'hirondelle et la mésange, six heures de rushes parfaitement conservées et décide de restituer au public cette pièce du patrimoine.
Philippe Esnault retrouva le scénario de Gustave Grillet et les documents de travail très précis d'Antoine. Le montage tel que l'avait voulu Antoine est assuré en 1983 par Henri Colpi assisté de Sophie Durand. Les trucages, volets, iris, enchaînés, fondus sont tous effectués à la prise de vues. Les intertitres, à dix exceptions près ont été rédigés par Antoine. Le film est projeté pour la première fois à la cinémathèque française le 12 mars 1984 et diffusé ensuite à la télévision, au cinéma de minuit, par Patrick Brion.
La vie qui s'écoule lentement au grès des activités quotidiennes le long des berges de la campagne ou des grandes villes et parmi les animaux domestiques (chien, canari et poules) constitue le registre majeur du film. Les relations entre Pierre, Griet et Marthe sont dépourvues d'ambiguïté.
L'arrivée de Michel, marin de l'océan que Pierre se promet innocemment de transformer en marin d'eau douce va bouleverser ce tranquille équilibre. Griet est troublée par la présence de Michel et n'apprécie pas que son mari pousse sa sur dans les bras du nouveau venu. La scène de halage puis surtout celle ou Michel surprend Griet entourant de soie sa peau nue marque l'intrusion brusque du désir sexuel alors que Marthe reste confinée au rêve et au sommeil. Cette violence de la pulsion, Michel l'enfonce sous l'eau et dans la vase.
Les nombreuses fermetures à l'iris sont utilisées aussi bien pour ponctuer le défilement des jours que pour insister sur la montée de la pulsion sur le visage de Michel lorsqu'il découvre la peau nue de ou pour marquer la pensée de Michel se décidant à voler les diamants. Un même élément de grammaire cinématographique pour des significations différentes.