La mosaïque de la déisis (grec Δέησις : « supplication ») date probablement de 1261. C'est le troisième panneau de la loge impériale de la galerie supérieure. Cette mosaïque est considérée comme un chef-d'œuvre pour la douceur des traits et de l'expression des visages, et aussi comme le début de la renaissance de l'art pictural byzantin. Le style est celui des peintres italiens de la fin des XIIIe–XIVe siècles, comme Duccio. La Vierge Marie (« ΜΡ ΘΥ ») et saint Jean le Baptiste (« Ο ΑΓΙΟC ΙΩ. Ο ΠΡΟΔΡΟΜΟC » : saint Jean Prodromos, c'est-à-dire Précurseur), tous deux de trois-quarts, implorent l'intercession du Christ pantocrator (« ΙC ΧC ») pour les péchés de l'humanité lors du Jour du jugement. La partie inférieure de la mosaïque est très détériorée, probablement à cause de la pluie venant de la fenêtre voisine.