Giulio cardinal de Medicis a commandé cette Transfiguration en 1517 à Raphaël pour la cathédrale française de Narbonne. La mauvaise santé a empêché Raphaël de la finir. Le tableau est demeurée à Rome dans l'église saint Pierre de Montorio après 1523. Emmené à Paris en 1797, elle a été restituée en 1815.
La composition de la Transfiguration est divisée en deux parties distinctes : le miracle du garçon possédé sur un niveau du bas et la Transfiguration du Christ sur le niveau plus élevé.
Le garçon possédé est l'exemple du paradoxe esthétique que le laid peut être dépeint de belle manière. L'humaniste Giovio a admiré ce personnage pour les gestes et le regard fixe montrant l'état physique et mental exact de l'enfant malade.
Affligé par la vue de l'enfant se tordant dans les convulsions, l'apôtre lisant la bible se tourne vers lui avec un geste de compassion sincère. Sa main semble surgir en avant du tableau et son pied vouloir sortir du cadre, intégrant ainsi le spectateur dans la scène comme témoin de l'événement.
Le Christ transfiguré dans une aura de lumière et de nuages flotte au-dessus de la colline, accompagné de Moïse et Elie. Ses bras tendus rappellent la forme de la croix sur laquelle il est mort. La figure n'est cependant pas raide mais élégante.
Les disciples sont sur la terre. Certains sont baignés par la lumière de la gloire, d'autres sont en prière. Les gestes de la foule voyant le miracle lient les deux parties ensemble : les mains de la foule convergent vers la figure du Christ.
Dans cette très grande composition, Raphaël a résumé tous les éléments de la peinture contemporaine y compris des références à l'antiquité classique, à Léonard de Vinci (sans doute basé sur les impressions recueillies pendant son séjour à Florence) et - non sans à un certain narcissisme - à lui-même. C'est une étape incontestable du maniérisme au même titre que La chambre de l'incendie ou La sainte famille de Michel-Ange.
Les nombreux schémas (ceux de Raphaël et de ses élèves) pour les personnages du tableau ainsi que des variantes par rapport à la première ébauche ont été révélées par le travail de restauration entrepris en 1977. Ils montrent comment la composition a été soigneusement méditée. La restauration a également dissipé tous les doutes quant à l'authenticité de l'attribution à Raphaël ; retouches et corrections prouvent que ce tableau (bien que non fini) est réellement et entièrement de sa main.