La Vierge et l'Enfant sont placés sur une colline au centre du premier plan, isolés du reste des personnages, comme dans le panneau de Berlin (Gemäldegalerie). La forêt sombre ici commence au milieu derrière la Vierge, fusionnant avec le paysage d'arrière-plan à droite de la figure principale. La campagne à droite, avec les motifs de la ferme, le village au milieu et la ville au loin, est nettement séparée de la zone à gauche, où la ville d'Héliopolis apparaît au pied de la montagne. Cette solitude naturelle est liée au premier plan supérieur par la couleur du terrain et les sentiers complexes le long desquels saint Joseph monte avec le récipient de nourriture dans ses mains.
Patinir suit le même type iconographique, avec quelques variantes, utilisé dans les peintures du même thème au Museo Thyssen, le panneau central du triptyque anciennement dans la collection Kaufmann à Berlin et maintenant à Wiesbaden, et la version à la Gemäldegalerie à Berlin. Il suit ainsi un type créé par Hans Memling dans un panneau du Louvre (1480), qui fut le premier à relier la Vierge à l'Enfant à des passages de la fuite en Égypte, suivi par Gérard David (œuvres du Prado et Washington), et plus tard par d'autres peintres, parmi lesquels Patinir et Joos van Cleve dans son panneau bruxellois.
Dans le Repos au Prado, Patinir incorpore le Massacre des Innocents en arrière-plan à l'extrême droite, comme il le fait dans le triptyque de Wiesbaden et dans le panneau de la Gemäldegalerie de Berlin. Du même côté, au milieu, il situe le miracle du champ de blé, comme dans les deux autres panneaux. Ce qui varie dans le panneau du Prado, c'est la position et l'importance de la chute des idoles d'Héliopolis, qui apparaît à deux endroits différents. La boule de pierre sur laquelle sont posés une miniscule paire de pieds à droite de la Vierge est tout ce qui reste d'une image païenne, tandis que la ville s'élève sur la gauche. Au milieu de ses édifices romans ou gothiques, on aperçoit les idoles plongeant d'une tour, tandis que les fidèles, dans un édifice adjacent, font des offrandes à l'un de leurs dieux, dont la tête ressemble à celle d'un rat. D'autres allusions à la fuite en Égypte sont les sacoches blanches attachées au bâton de saint Joseph, le panier d'osier et la gourde à eau avec son bouchon aux pieds de Marie au premier plan. Il en va de même de saint Joseph lui-même, représenté au milieu à gauche, et de l'âne qui allaite, représenté de l'autre côté de l'arrière en raccourcis saisissants.
L'arbre à côté de Marie et la source près des rochers à sa droite n'ont aucun rapport avec le miracle du palmier qui a eu lieu pendant le repos de la fuite en Égypte. Tous deux appartiennent à une tradition iconographique différente, celle du paradis terrestre, qui se rattache à la Vierge de l'Humilité par l'image de Marie assise sur le sol. Patinir représente ici la Vierge comme Madona lactans, comme Mater misercordia, lui attribuant ainsi un rôle important dans l'incarnation et la rédemption. Malgré cela, en la plaçant haut dans une position proéminente, le peintre la fait ressortir par sa majesté plutôt que par le type d'humilité rendu par Jan van Eyck dans son dessin à Anvers. Patinir agrandit l'espace consacré au paradis terrestre. Le pommier avec ses maigres fruits à gauche de Marie est l'arbre du bien et du mal, sec à cause du péché originel, mais qui pousse de nouvelles pousses après l'incarnation du Christ, le début de la rédemption. La vigne sans raisin enroulée autour de l'arbre est une allusion aux paroles du Christ, je suis la vigne, et est associée à sa mort sur la croix et à la venue de la rédemption, tout comme le lierre qui s'enroule également autour d'elle. Le marronnier au milieu à gauche de Marie est associé à la résurrection, et ses fruits tombés, dont certains se sont ouverts pour révéler les marrons à l'intérieur, font allusion à l'Immaculée Conception et à la chasteté de Marie. Les fleurs et les plantes abondantes au premier plan ont également des significations christologiques ou mariales, comme l'a expliqué Falkenburg. Eux et les deux arbres renvoient non seulement au péché originel et à la rédemption par la passion et la mort du Christ, mais aussi à la compassion de la Vierge, thème iconographique qui est, rappelons-le, l'une de ses sept douleurs (La prophétie du saint vieillard Siméon; La fuite en Egypte; La disparition de l'Enfant Jésus au Temple pendant trois jours; La rencontre de Jésus portant sa croix et montant au Calvaire; Marie, debout au pied de la croix; La descente de Jésus de la croix et la remise à sa mère) comme elle-même intimide d'un regard bas et pensif qui projette l'ombre de la passion sur les jours heureux de l'enfance.
Les caractéristiques du Repos pendant la fuite en Égypte au Prado confirment qu'il appartient à une date plus tardive que d'autres panneaux sur le même sujet attribués à Patinir. Tout semble indiquer qu'il a été exécuté entre 1518 et 1520, au début de la dernière phase d'activité de l'artiste.