En 1954, Jasper Johns commence à peindre ce qui allait devenir l'un de ses emblèmes : le drapeau américain. Comparable aux cibles, aux cartes et aux lettres qu'il a également représentées - Johns s'est rendu compte que le drapeau était "vu et non regardé, pas examiné." L'exécution et la composition de Three Flags nécessitent une inspection minutieuse par le spectateur. La peinture attire l'attention sur le processus de sa fabrication grâce à l'utilisation par Johns de l'encaustique, un mélange de pigments en suspension dans de la cire chaude qui se fige à chaque application; l'accumulation résultante de marques discrètes crée une surface sensuelle, presque sculpturale.
L’arrangement structurel de l’œuvre ajoute à sa complexité. Le trio de drapeaux - dont l’échelle diminue successivement d’environ vingt-cinq pour cent - se projette vers l’extérieur, contredisant la perspective classique, dans laquelle les objets semblent s’éloigner du point de vue du spectateur.
En déplaçant l'accent visuel de la signification emblématique du drapeau vers les motifs géométriques et la texture variée de la surface de l'image et de la structure de la toile, Johns explore la frontière entre abstraction et représentation. Comme il l'a fait remarquer, cette peinture lui a permis "d'aller au-delà des limites du drapeau, et d'avoir un espaces de peintures"