Une enfant peine à marcher dans l'herbe et pleure pour retrouver sa maman. Un tsunami a ravagé les alentours et l'enfant voit surgir une jeune femme en laquelle elle croit voir sa mère. C'est sur ce rêve de sa mère défunte que se réveille Suzume Iwato, lycéenne de 17 ans qui vit désormais avec sa tante,Tamaki, à Miyazaki sur l'île de Kyushu au Sud-ouest du Japon.
Alors qu'elle se dirige vers son lycée, Suzume rencontre un jeune homme à la recherche de zones en ruine où trouver une porte. Suzume lui indique une ancienne station thermale à proximité, puis, prise d'un désir irrépressible suit l'homme jusqu'à la station. Suzume trouve une porte dressée seule sur son cadre. Elle l'ouvre et découvre un champ étoilé à travers la porte, mais est incapable d'y entrer. Elle ramasse une statue de chat qui devient un vrai chat et s'enfuit. Effrayée, elle retourne à l'école.
Pendant l'heure du déjeuner, Suzume remarque une colonne en forme de flamme turgescente géante provenant du site de l'ancienne station thermale que personne d'autre ne peut voir. En y retournant, elle retrouve le jeune homme du matin essayant de fermer la porte. Le voyant se débattre et se blesser, Suzume se précipite pour l'aider. Ils réussissent à fermer la porte et la colonne rouge disparaît, mais pas avant de s'écraser de manière invisible dans la ville et de causer les dégâts d'un petit tremblement de terre.
Suzume emmène l'homme, Sōta Munakata, chez elle pour panser sa blessure. Il explique qu'il voyage à travers le Japon pour verrouiller des portes dans des endroits abandonnés pour empêcher un "ver" surnaturel géant de provoquer des tremblements de terre. Le chat libéré par Suzume apparaît et transforme Sōta en chaise d'enfant sur laquelle il était assis. Sōta, maintenant une chaise à trois pieds, poursuit le chat vers un ferry en direction d'Ehime suivi de Suzume. Il décrit le chat comme la clé de voûte de la porte qui devenant un chat facétieux et irresponsable à ouvert porte abandonnée et laissé ainsi le ver se déployer sur la ville.
À Ehime, Suzume et Sōta utilisent des indices sur les réseaux sociaux provenant d'habitants qui ont photographié le chat et l'ont nommé "Daijin", le pacha pour le suivre à travers Shikoku. Avec l'aide de Chika, fille d'aubergistes locaux, ils trouvent le ver et ferment sa porte d'entrée dans un collège abandonné autrefois fréquenté par Chika. Daijin ayant été repéré à Kobe, ils tentent deprendre lebus mais une femme, Rumi propose de les y ammener car elle habite là-bas. Lorsqu'ils arrivent en ville, Rumi demande à Suzume de garder ses jumeaux et d'aider à servir les clients de son bar. Au bar, Suzume trouve Daijin assis avec les clients qui attendent qu'ils le remarquent et que le ver réapparaisse. Suzume et Sōta poursuivent Daijin dans un ancien parc d'attractions abandonné où se trouve le ver. Sōta exige que Daijin redevienne une clé de voûte, mais il refuse, voulant "jouer" avec Suzume. Suzume chargée de fermer la porte est enchantée de revoir le champ étoilé mais cette fois avec son moi d'enfance et une figure féminine inconnue au loin. Sōta doit abandonner le combat contre le chat afin d'empêcher Suzume de tomber et de s'assurer que le portail est fermé. Après avoir verrouillé la porte, Sōta explique que le portail mène au Monde éternel où les âmes vont après la mort. Après la nuit au bar de Rumi, Sōta semble avoir de plus en plus de mal à se réveiller.
Après avoir suivi Daijin à Tokyo, Sōta demande à Suzume de l'emmener à son appartement. Il explique le mythe du ver Namazu, et comment il est pacifié par le placement de deux clés de voûte dans l'est et l'ouest du Japon. La clé de voûte occidentale est devenue le chat Daijin, tandis que les indices de l'emplacement de la clé de voûte orientale sont obscurs. Si le ver apparaissait à Tokyo, il pourrait détruire la ville comme le tremblement de terre du Kantō de 1923. Daijin réapparaît et révèle qu'il a transmis sa fonction de clé de voûte à la forme de chaise de Sōta. Après avoir trouvé le ver réapparu, Sōta se transforme en clé de voûte entre les mains de Suzume, laissant Suzume le sceller. Elle le fait et se réveille dans une grotte abritant la porte de Tokyo. Scrutant le Monde éternel, elle voit la clé de voûte Sōta mais ne peut à nouveau y entrer pour l'atteindre. Daijin s'approche de Suzume avec enthousiasme, lui disant qu'il peut être son chat maintenant. Au lieu de cela, Suzume , furieuse, rejette Daijin et lui dit de ne plus jamais lui parler. Le cœur brisé, Daijin s'éloigne.
Suzume rend visite au grand-père de Sōta à l'hôpital. Il explique que la capacité de Suzume à voir le ver et le Monde éternel à travers les portes signifie qu'elle est entrée accidentellement dans le royaume une fois auparavant. De plus, la porte qu'elle a utilisée pour la première fois est le seul endroit où elle peut rentrer dans Monde éternel et sauver Sōta.
Retrouvant sa tante Tamaki, qui l'a suivie depuis Kyushu, Suzume se rend dans sa ville natale d'enfance à Tōhoku, qui a été détruite lors du tremblement de terre et du tsunami de Tōhoku en 2011 avec l'aide du camarade de classe universitaire et ami de Sōta, Tomoya Serizawa qu'elle avait rencontré dans l'appartement de Sōta juste avant l'apparition du ver à Tokyo. Lors d'une halte en cours de route, Suzume découvre une Tamaki pleine de rancoeur, possédée par Sadaijin, la clé de voûte orientale. Tamaki emmène Suzume dans les ruines de son ancienne maison où elle vivait autrefois avec sa sœur, une infirmière tuée dans le tsunami. Suzume trouve son ancienne porte et entre avec Daijin et Sadaijin. Le Monde Eternel lui apparaît comme sa ville juste après le tsunami. Tandis que Sadaijin distrait le ver, Suzume réveille Sōta, le ramenant à une forme humaine. Admettant sa défaite, Daijin redevient une clé de voûte. Avec Daijin et Sadaijin, Suzume et Sōta renferment le ver, l'empêchant de le Monde Eternel.
Sōta remarque alors un enfant dans le Monde Eternel : Suzume d'il y a 12 ans. Suzume se souvient comment elle est entrée dans le Monde Eternel lorsqu'elle était enfant après la mort de sa mère. Elle prend sa chaise d'enfance et la donne à elle-même plus jeune, lui redonnant foi en son avenir. La jeune Suzume quitte Le Monde Eternel avec la chaise et est retrouvée par Tamaki 12 ans auparavant. Suzume et Sōta quittent eux-mêmes Ever-After, Sōta retournant à Tokyo tandis que Suzume et Tamaki retournent à Kyushu dans la voiture de Tomoya Serizawa, se souvenant des amis faits en cours de route.
Quelque temps plus tard, de retour à Miyazaki, Suzume est sur le chemin de l'école lorsqu'elle rencontre à nouveau Sōta, remontant la même route où ils se sont rencontrés pour la première fois.
Un road-movie, du sud-ouest au nord-est du Japon, pour une quête initiatrice. La force de l'amour permet à Suzume de retrouver la force qu'elle avait reçue d'elle-même, plus âgée, lorsqu'elle était enfant. Les amitiés forgées en cours de route renforcent aussi Suzume.
Jean-Luc Lacuve, le 30 avril 2023.