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La République Galactique est en train de mener une guerre épique contre la Confédération des Systèmes Indépendants sous le commandement du Seigneur Sith, le Comte Dooku. Le dirigeant des armées droïdes confédérées, le Général droïde Grievous détient le Chancelier Palpatine en otage à bord de la "Main Invisible", son vaisseau amiral.
Anakin et Obi-Wan combattent à travers le vaisseau les troupes de droïdes. Ils atteignent finalement la pièce où Dark Tyranus retient le chancelier Palpatine prisonnier. Une bataille au sabre laser s'en suit, les deux chevaliers Jedi combattant ensemble Dooku. Au cours de la bataille, Dark Tyranus frappe Obi-Wan qui se retrouve inconscient. Anakin poursuit le combat, et coupe les deux mains de Dooku. Ce dernier tombe à genoux, Palpatine encourage Anakin à achever le comte désormais inoffensif. Après hésitation, Anakin décapite Dark Tyranus malgré les règles Jedi.
Le croiseur séparatiste commence à être sévèrement endommagé dans la bataille, et entame lentement mais inexorablement sa descente vers Coruscant. Anakin porte Obi-Wan encore inconscient et court à travers le vaisseau avec Palpatine. Les trois hommes sont capturés par le général Grievous alors même qu'Obi-Wan reprend ses esprits. R2-D2 met en place une diversion, permettant aux Jedi de retrouver leurs sabres lasers et de s'enfuir. Cependant, Grievous s'échappe et fait en sorte que toutes les capsules de survie soient relâchées dans l'espace. Alors que l'immense vaisseau pénètre dans l'atmosphère coruscanti et entame sa chute libre, Anakin parvient à en prendre les commandes et à ne pas le faire s'écraser sur la surface entièrement urbanisée de la planète.
Une navette conduit les quatre rescapés au 500 Republica, la résidence des 500 plus hauts dignitaires de la République. Anakin est accueilli et loué pour ses actes héroïques, et rencontre secrètement Padmé Amidala qui lui apprend qu'elle est enceinte de leur enfant.
Plus tard, Anakin se réveille paniqué, couvert de sueur. Il révèle à Padmé son rêve : il l'a vue mourir à la naissance de son enfant, et ne veut pas que ce rêve se réalise comme ce fut le cas pour sa mère.
Le Chancelier Palpatine fait venir Anakin dans sa suite. Le Sénat a encore accordé de plus grands pouvoirs à Palpatine, étant donné l'urgence et la guerre. Palpatine confie à Anakin ses peurs, sa méfiance envers les Jedi. Il fait d'Anakin son représentant personnel au Conseil Jedi. Le Conseil accepte le rôle d'Anakin, mais refuse d'en faire un Maître Jedi. Cela met Anakin dans une colère noire, où il insiste sur le fait qu'il est bien plus fort que tous les Jedi présents au Conseil. Le Conseil discute des sujets de guerre. Il est décidé qu'Anakin devra assurer la protection du Chancelier, pendant que Yoda organisera un bataillon de clones pour assister les Wookies sur Kashyyyk. Anakin est alors très en colère, et très déçu.
Obi-Wan explique à Anakin que le Conseil exige de lui qu'il rapporte tous les faits et gestes du Chancelier Palpatine, qu'il l'espionne. "Nous sommes en guerre" explique-t-il. Puis il rappelle à Anakin que des doutes subsistent à propos du chancelier, un politicien habile qui a réussi à prolonger son mandat bien après son expiration Anakin est outragé mais accepte la mission à contrecur.
À l'Opéra Galactique de Coruscant, Anakin rejoint Palpatine. Palpatine poursuit sa tentative pour faire d'Anakin un partisan du Côté Obscur, lui faisant partager sa méfiance à l'égard des Jedi. Il lui parle également de Dark Plagueis, un Seigneur Sith qui selon une vieille légende aurait de par sa grande connaissance du côté obscur, réussi à créer la vie et à protéger les gens qu'il aimait de la mort, mais que son apprenti fort de son enseignement a assassiné durant son sommeil. Palpatine précise que la capacité à sauver les gens de la mort n'est pas quelque chose que l'on peut apprendre si l'on n'embrasse pas la Force dans son ensemble.
Le Conseil Jedi reçoit de Palpatine l'information que le Général Grievous est sur la planète Utapau. Il est décidé de dépêcher Obi-Wan sur les lieux. Anakin est vexé de ne pas avoir été envoyé à sa place.
Obi-Wan arrive sur Utapau à la recherche du Général Grievous. Il le trouve et le provoque en duel, Grievous utilisant quatre sabres lasers simultanément, volés aux Jedi qui ont eu le malheur de le rencontrer précédemment. Grievous tente de fuir, et Obi-Wan le poursuit. Au cours de la poursuite, Obi-Wan perd son sabre. Pendant ce temps les troupes Clones débarquent sur la planète laissant place à une bataille les opposant aux droïdes et autres machines de la Fédération.
Sur Coruscant, Anakin raconte à Palpatine que le général Grievous a été retrouvé sur Utapau. Anakin insiste : il aurait tout aussi bien accompli cette mission. Leur conversation s'axe ensuite sur la maîtrise de Palpatine concernant la Force, faisant de lui Dark Sidious, le dernier des terribles Seigneurs noirs des Sith dont les Jedi soupçonnaient l'existence. En réalisant cela, Anakin dégaine son sabre et menace de tuer Palpatine, mais ce dernier lui rappelle très habilement que l'existence de la femme de sa vie est entre ses mains car lui seul a le pouvoir de la sauver. Anakin préfère le mener devant le Conseil Jedi qui statura sur son sort.
Sur Utapau, Obi-Wan continue de poursuivre Grievous. Il le rattrape et les deux opposants se combattent à mains nues. Obi-Wan réussit à arracher une plaque abdominale à Grievous, exposant ses organes internes. Mais celui-ci le repousse avec ces quatre bras et Obi-Wan manque de tomber dans le vide. Obi-Wan saisit avec la Force l'arme du Général et tire dans son abdomen organique, le faisant exploser.
Anakin révèle à Mace Windu que le Seigneur Sith qu'ils cherchaient est en fait le Chancelier Palpatine. Anakin se propose d'aider à l'arrestation de Palpatine mais Mace préfère l'en éloigner en sentant le conflit en lui. Se souvenant de la capacité des Sith à ramener à la vie et de son rêve concernant la mort de Padmé, Anakin se rue vers le bureau de Palpatine où la bataille fait rage.:
Mace Windu accompagné d'Agen Kolar, Saesee Tinn et Kit Fisto, trois des plus grands bretteurs de l'ordre, arrive dans le bureau du chancelier pour l'arrêter. Palpatine dégaine un sabre laser, caché dans la manche de son ample vêtement, et, avec une agilité que les Jedi n'auraient pas crue du vieil homme, abat rapidement ses adversaires. Mace, sur la défensive, pare les coups. C'est alors qu'Anakin arrive, et observe le duel. Au cours du combat, le Seigneur Sith ayant perdu son sabre envoie des éclairs de Force, que Mace Windu renvoie, révélant le réel visage de l'ex-Chancelier, un visage déformé et scarifié par l'utilisation du côté obscur. Anakin ne sait que faire, Mace annonce qu'il est trop dangereux pour être gardé en vie mais Anakin tient à Palpatine et dit que seule une décision du sénat peut juger de son sort bien que toute la justice soit sous le contrôle du Sith. Alors même que Mace allait achever Palpatine "affaibli", Anakin sectionne sa main. Mace, déconcentré, est tué par un ultime éclair de Palpatine toujours en pleine forme. Il est envoyé à travers la large baie vitrée. Pendant le foudroiement fatal, Palpatine s'exclame d'un ton diabolique « Aucune limite à mon pouvoir !! »
Anakin se sent coupable de ce qu'il vient de faire et se confie à Palpatine. Au point où il en est arrivé, il décide de suivre le seul moyen de sauver sa femme, le côté obscur. Palpatine fait d'Anakin son apprenti Sith. Anakin se met à genoux devant Palpatine, qui lui donne le nom de Dark Vador. Palpatine lui ordonne de tuer les Jedi dans le temple, désormais leurs ennemis, et d'aller dans le système Mustafar afin d'éliminer Nute Gunray et les autres leaders séparatistes.
Dark Sidious ordonne aux Clones de toute la galaxie d'exécuter l'Ordre 66, le Grand Holocauste Jedi, le vrai but final de la Guerre des Clones. À travers la Galaxie, les Stormtroopers, ex-clones, se retournent sans pitié contre les Jedi les menant au combat, leurs officiers et frères d'armes qu'ils avaient secourus sur Géonosis trois ans plus tôt Obi-Wan sur Utapau et Yoda sur Kashyyyk réussissent de justesse à s'enfuir. Mais tous les autres Jedi meurent assassinés inexorablement les uns après les autres. Le soir même, Dark Vador entre dans le Temple Jedi à la tête du 501e régiment, un bataillon d'élite de milliers de Clones. Vador traverse le Temple, massacrant tous les Jedi présents, jusqu'aux jeunes enfants novices.
Plus tard, Anakin/Vador va voir Padmé, qui aperçoit de la fumée s'échappant du Temple, sans savoir ce qui s'y est passé. Il lui explique que les Jedi ont tenté de faire tomber la République en prenant le pouvoir, et qu'ils ont trahi le Sénat. Il lui dit qu'il va se rendre dans le système Mustafar, où les séparatistes restants se sont regroupés, et qu'il va mettre fin à la Guerre.
Bail Organa, le sénateur alderaanien, a recueilli Yoda et Obi-Wan à bord du Tantive IV. Les deux Jedi, sachant qu'il y a sûrement encore quelques Jedi en vie dans la galaxie et qu'un appel de rapatriement au Temple a été lancé depuis Coruscant, décident de retourner à la capitale et de modifier le message, pour éviter que tout le monde ne tombe dans le piège. Bail est également rappelé à la capitale pour assister à une réunion extraordinaire du Sénat.
Au cours de cette réunion, Palpatine leur révèle l'« échec des Jedi à dépasser le Sénat ». Il explique aux sénateurs qu'il a lancé un programme d'extermination des "traîtres" jedi, ce qui ne manque pas de perturber Padmé qui pense à son époux. Et c'est à ce moment que Palpatine s'autoproclame Empereur. La sénatrice Amidala est anéantie : la République n'existe plus.
Obi-Wan et Yoda se rendent au Temple Jedi. Ils envoient un message d'alerte à l'intention de tous les Jedi encore en vie, pour les avertir de ne pas se rendre au Temple malgré le message piège, diffusé par le nouvel Empire, annonçant la fin de la guerre et demandant aux Jedi de rentrer au temple où la mort les attend. Au centre de contrôle du Temple, Obi-Wan visionne les enregistrements de sécurité, malgré les avertissements de Yoda sur la tristesse et la douleur que pourront lui inspirer ces images, et découvre Anakin massacrant les Jedi. Yoda est résolu à affronter les Sith, mais il sait que Obi-Wan est trop faible pour vaincre Dark Sidious : il doit tuer son ancien Padawan.
Dans le système Mustafar, Dark Vador massacre de sang froid tous les séparatistes confédérés.
Obi-Wan recherche Anakin dans les appartements de Padmé. Ne le trouvant pas, il révèle à la jeune femme qu'Anakin a rejoint le Côté Obscur et a tué les chevaliers Jedi du Temple Jedi et qu'il est maintenant de son devoir de le mettre hors d'état de nuire. Seulement, Padmé ne veut pas révéler où est Anakin, car il est le père de son enfant. Avant de partir, Obi-wan le comprendra.
Plus tard, Padmé quitte Coruscant dans son vaisseau, partant pour Mustafar rejoindre Anakin. Cependant, Obi-Wan s'est caché à bord du vaisseau avant qu'elle ne décolle.
Padmé atteint Mustafar et embrasse Anakin, mais elle réalise en l'écoutant qu'Obi-Wan avait raison. Quand le maître Jedi apparait, Vador se met à étrangler Padmé avec la Force. Obi-Wan lui ordonne plusieurs fois de la laisser. Elle perd conscience et Vador relâche son étreinte sur elle. Obi-Wan et Dark Vador s'engagent dans un combat féroce au sabre laser.
Dans les bâtiments du Sénat, Yoda se bat contre Dark Sidious. Ils s'engagent dans un combat utilisant tant la Force que les sabres laser. Le duel les amène jusqu'à la grande Arène du Sénat, déserte. Sidious envoie des capsules-salons sur Yoda à l'aide de la Force, finissant par le faire chuter dans le vide. Avec l'aide de Bail Organa, Yoda parvient à s'enfuir annonçant qu'il reconnaît sa défaite et qu'il est temps pour lui de fuir et de se cacher.
Après une longue bataille pendant laquelle ni Obi-Wan ni Vador ne prennent le dessus, Obi-Wan finit par battre le Sith alors que celui-ci vient de prendre un risque en sautant par-dessus son ancien maître. Obi-Wan coupe dun coup de sabre les deux jambes et le bras gauche de Vador, qui s'écroule et roule jusqu'au bord dune rivière de lave. Ses vêtements, déchirés pendant le combat, frôlent la surface de la lave et senflamment, brûlant la quasi-totalité de la peau dAnakin/Vador. Avant de partir, Obi-Wan lui avoue sa déception, son désespoir, et ramasse son sabre avant de rejoindre le vaisseau de Padmé, encore faible.
Dark Sidious ayant senti la défaite de son apprenti arrive sur Mustafar avec un bataillon de Stormtroopers. Ils sauvent Dark Vador, au bord de la mort.
Obi-Wan arrive à Polis Massa et Padmé reçoit l'assistance médicale dont elle a besoin. Malgré son absence de blessure physique, elle est en train de mourir, seuls ses enfants sont sauvés, des jumeaux : un garçon et une fille. Padmé leur donne le nom de Luke et Leïa. Elle rendra son dernier souffle en disant à Obi-Wan qu'il y a encore du bien en Anakin/Vador.
Sur Coruscant, alors même que ses enfants naissent, Vador se fait opérer. Il reçoit deux nouvelles jambes, un nouveau bras et une assistance respiratoire. Il est habillé d'une armure noire, et un masque lui est accolé au visage lui permettant de respirer tout en restant en vie. Le Dark Vador mécanique commence à respirer pour la première fois Dark Vador reprend conscience et laisse exploser sa colère dans la Force quand il apprend de la bouche de l'Empereur que Padmé est morte.
Sur le croiseur républicain Tantive IV, Obi-Wan, Yoda et Bail Organa sont assis autour d'une table. Ils acceptent de protéger et de cacher les enfants de Padmé. Luke et Leia seront séparés de façon à ce que les Sith ne sentent pas leur présence. Leia sera adoptée par Bail Organa. Luke sera envoyé à sa famille sur Tatooine. Obi-Wan et Yoda surveilleront et attendront jusqu'à ce que le temps soit venu. Yoda conseille à Obi-Wan d'étudier la technique de Qui-Gon pour atteindre l'immortalité. (Note : dans la version du film il lui dit qu'il a un entraînement pour lui durant sa solitude sur Tatooïne, afin de communiquer avec son ancien maître.)
Bail Organa laisse R2-D2 et C-3PO à la garde du capitaine Antilles du Tantive IV. Il demande qu'ils soient nettoyés que la mémoire de C-3PO soit formatée.
Sur Naboo, les funérailles de Padmé donnent lieu à une cérémonie solennelle. Afin de cacher la naissance des jumeaux, un faux ventre est glissé sous ses vêtements. Sur le pont d'un Star Destroyer, Dark Sidious maintenant Empereur et le Grand Moff Tarkin sont rejoints par Dark Vador ; ils observent le début de la construction de l'Étoile Noire. Sur Alderaan, la jeune Leia est ramenée par Bail Organa à sa femme, la Reine d'Alderaan. Sur Tatooine, Obi-Wan amène Luke Skywalker à sa nouvelle famille : Oncle Owen et Tante Beru.
Tout est maintenant en place pour aborder l'épisode 4, le premier réalisé par Geoge Lucas, le mythique La gurre des étoiles; premier blockbuster de l'histoire du cinéma. Cependant va s'intercaller entre cet épisode 3 et le 4, le rogue one de 2016 avec d'autres personnages chargés de dérober les plans de l'Etoile Noire.