Souleymane Cissé est né dans une famille musulmane modeste. Il est passionné de cinéma dès son enfance. Depuis l’âge de 7 ans, il fréquente très régulièrement le cinéma comme spectateur en compagnie de ses grands frères et de leurs amis. Il fait des études secondaires à Dakar et revient au Mali en 1960 lors de l’éclatement de la Fédération du Mali et de l’indépendance de son pays. Il adhère alors à des mouvements de jeunesse et commence à projeter à la Maison des Jeunes de Bamako des films qu'il commente ensuite au public.

C'est un film documentaire sur l’arrestation de Patrice Lumumba qui déclenche réellement sa volonté de faire du cinéma. Il obtient une bourse pour suivre un stage de projectionniste puis des études de cinéma à l'Institut des Hautes Etudes Supérieures de la Cinématographie de Moscou. Il en sort diplômé en 1969. En 1970, rentré au Mali, il est employé comme cameraman-reporter au Service Cinématographique du Ministère de l'Information, ce qui lui offre l'occasion de parcourir le Mali de long en large caméra à l'épaule pendant trois ans et de réaliser plusieurs documentaires.

Souleymane Cissé tourne son premier moyen métrage, Cinq jours d’une vie, en 1971. Le film relate l’histoire d’un jeune qui abandonne l’école coranique et vagabonde dans les rues, vivant de menus larcins. L'œuvre est primée au Festival de Carthage. En 1975, il réalise son premier film en bambara, La jeune fille, à propos d’une jeune fille muette violée par un chômeur. Enceinte, elle subit le rejet de sa famille et du père de l’enfant qui refuse de le reconnaître. Le film est interdit par le ministre malien de la culture et Souleymane Cissé est arrêté et emprisonné pour avoir accepté la coopération française. Le brulot restera interdit pendant trois ans et n'obtiendra son visa d'exploitation qu'en 1978.

Fonctionnaire de l'Etat, Souleymane Cissé prend une disponibilité en 1977 afin de se consacrer pleinement au cinéma et crée la société de production Les Films Cissé (Sisé Filimu). En 1978, sort le film, Le Travail, qui reçoit l'Étalon de Yennenga au FESPACO (Festival panafricain du cinéma et de la télévision de Ouagadougou) la même année. Succède Finyè (Le Vent, 1982). Il s'agit d'une chronique sur la révolte des étudiants maliens face au pouvoir militaire. A sa sortie, le film multiplie les récompenses : Étalon de Yennenga au Fespaco de Ouagadougou en 1983, Tanit d'Or au Festival de Carthage. Le film est également sélectionné au Festival de Cannes 1982 ; le cinéaste sera membre de son jury l'année suivante.

Entre 1984 et 1987, il tourne Yeelen, film initiatique sur le douloureux chemin que prend l’enfant pour devenir adulte. Il obtient le Prix du Jury au Festival de Cannes en 1987. Souleymane Cissé tourne Waati (Le Temps, 1995), qui retrace l'histoire de Nandi, une enfant noire d'Afrique du Sud au moment de l'Apartheid, qui fuit son pays pour partir en Côte d'Ivoire, au Mali et en Namibie, avant de revenir dans son pays d'origine après la fin du régime.

En 2009, Souleymane Cissé sort le film Min yé qui aborde le thème de la polygamie. Ce film, dans lequel jouent Sokona Gakou, animatrice à Africable, et Assane Kouyaté, est présenté au Festival de Cannes 2009.

Souleymane Cissé est, depuis 1997, président de l'Union des créateurs et entrepreneurs du cinéma et de l'audiovisuel de l'Afrique de l'Ouest (UCECAO). Souleymane Cissé a été élevé par le président de la République, Amadou Toumani Touré, au rang de Commandeur de l’Ordre national du Mali le 1er janvier 2006. Il est également élevé au grade de Commandeur des Arts et Lettres de la République Française.

Filmographie :

1973	Cinq jours d'une vie
	Avec : Falaye Dabo, Myriam Thiam. 0h50.
1975	La jeune fille
	(Den muso). Avec : Dounamba Dany Coulibaly, Fanta Diabate, Omou Diarra, Balla Moussa Keita, Mamoulou Sanogo, Ismaila Sarr. 1h28. Une jeune fille muette est violée par un chômeur. Enceinte, elle subit le rejet de sa famille et du père de l’enfant qui refuse de le reconnaître...
1978	Le travail
	(Baara). Avec : Omou Diarra, Balla Moussa Keita, Bubukar Keita, Baba Niare, Ismaila Sarr. 1h30. Un jeune paysan malien, Diarra, travaille comme "baara", c'est-à-dire porteur de bagages à Bamako. Un jour, il sympathise avec Balla Traoré, un jeune ingénieur. Celui-ci le prend sous sa protection, l'aide dans ses démêlés avec la police et lui fait abandonner le monde des marginaux pour entrer à l'usine. Balla Traoré constate que malheureusement les conditions de travail sont très dures pour son protégé. Révolté donc par l'attitude du patron qui nargue et opprime son personnel, le jeune ingénieur, décide d'organiser une réunion avec les ouvriers pour faire valoir leurs droits. L'ingénieur, qui a fait ses études en Europe, tente ainsi d'appliquer ses idées libérales au sein de l'usine. Contre le syndicat vendu au patron, il joue le rôle d'un vrai leader syndical et entre en conflit avec son directeur. Mais, il se fait enlever par le PDG, Mankan Sissoko, qui le fait ensuite assassiner.
1982	Le vent
	(Finye). Avec : Fousseyni Sissoko (Bah), Goundo Guissé (Batrou), Balla Moussa Keita (Le Gouverneur Sangaré), Ismaila Sarr (le grand-père de Bah), Omou Diarra (La Troisième épouse), Ismaila Cissé (Seydou), Massitan Ballo (La mère de Bah), Dioncounda Kone (La grand-mère de Bah), Yacouba Samabaly (La commissaire de police). 1h40. Au cours de manifestations, Bah et Batrou, deux étudiants refusant l'ordre établi, sont arrêtés. Ils découvrent l'emprisonnement, la souffrance physique, l'humiliation. Une épreuve qui, loin de les affaiblir, les rapproche et leur donne la force de résister.
1987	Yeelen
	Avec : Issiaka Kane (Niankoro), Aoua Sangare (Attou),, Niamanto Sanogo (Soma le père). 1h45. Selon la tradition du peuple Bambara, Nianankoro est en âge de passer l'épreuve initiatique qui lui permettra d'acquérir le savoir et ainsi de pouvoir contrôler le monde qui l'entoure et d'être l'égal des adultes.
1995	Le temps
	(Waati). Avec : Sidi Yaya Cissé (Solofa), Mariame Amerou Mohamed Dicko (Nandi à 6 ans), Balla Moussa Keita (un professeur), Vusi Kunene , Martin Le Maitre , Eric Miyeni (le père), Nakedi Ribane (la mère), Adam Rose (le policier tueur), Niamanto Sanogo (le prophète rastas). 2h20. Waati est l'histoire de Nandi, une enfant noire d'Afrique du Sud, à l'heure encore triomphante de l'apartheid. On la suit de l'enfance à l'age adulte, parmi les paysages et les personnages de sa vie, parcourant l'Afrique du Sud, la Cote d'Ivoire, la Mali et la Namibie, "où la terre semble avoir commencé ". Peu à peu, Nandi découvre son continent,le présent convulsif de l'Afrique et tout son passé de misère et de magie, et sa réalité de femme africaine.
2009	Dis moi qui tu es
	(Min Ye). Avec : Sokona Gakou, Assane Kouyaté. 2h15. Comédie sur le thème de la polygamie qui raconte les problémes de tous les jours vécus par une famille composée d’un réalisateur de cinéma, Issa et de ses femmes. La deuxième épouse, Mimi, devenue “la préférée” multiplie les frasques amoureuses et les aventures masculines avec son amant Abba. Ce qui conduit à d’amères désillusions pour le mari naif...