Sa mère souffrant de squizophrénie, Jonathan Caouette est élevé par ses grands-parents, tous deux comédiens, dans la très conservatrice capitale du Texas, Houston. Dès l’âge de 8 ans, il tourne ses premiers courts-métrages, une activité qu’il poursuit tout au long de son adolescence, réalisant "The Ankle Slasher" (1987), "The Techniques and Sciences of Eva" (1988) et "Pig Nymph" (1990). Ouvertement homosexuel, diagnostiqué d’un trouble de la dépersonnalisation, il se fascine très tôt pour les thématiques de l’identité, de la discrimination et de la dualité, qui traversent toutes ses œuvres.

Parallèlement à la réalisation, il fait ses débuts d’acteur dans des productions locales, interprétant notamment un schizophrène dans "Salomé" et un homosexuel dans Jesus Christ Superstar, deux rôles qu’il retrouve dans la comédie musicale "Godspell". Après avoir été formé de manière intensive à la American Academy Of Dramatic Arts de New York, il poursuit son exploration des comédies musicales cultes (en rejoignant notamment les troupes du Rocky Horror Picture Show et de Hair), tout en apparaissant dans quelques spots télévisés pour la chaîne MTV.

Il faudra cependant attendre 2003 et la sortie de Tarnation pour que Jonathan Caouette se fasse connaître du grand public. Produit par Gus Van Sant et John Cameron Mitchell, monté grâce au logiciel IMovie d’Apple sur un simple ordinateur, ce documentaire regroupe des vidéos de divers formats tournées par le jeune réalisateur depuis l’âge de onze ans. Originale dans sa forme et violente dans son fond, cette œuvre autobiographique est très chaleureusement accueillie dans les différents festivals où elle est présentée, parmi lesquels le Festival du film de Sundance et le Festival de Cannes.

Malgré ce succès, Jonathan Caouette ne reste pas derrière la caméra, mais apparaît dans quelques courts et longs métrages, parmi lesquels les comédies Fat Girls (2006) et Shortbus (John Cameron Mitchell, 2006) qui lui permettent de renouer avec les thèmes de la liberté sexuelle et des discriminations. En tant que réalisateur, son travail s'inscrit dans la lignée de Tarnation en ce qu'il explore les goûts, sensibilités et souvenirs du cinéaste. On lui doit ainsi le documentaire All Tomorrow's Parties (2009) sur le festival de musique du même nom, ainsi qu'un documentaire plus personnel sur la maladie de sa mère, Walk away Renée (2011).

Filmographie :

Courts-métrages :
2007 : Making of the 15th Raindance Film Festival
2009 : 42 One Dream Rush
2010 : All Flowers in Time

Longs-métrages :

2003	Tarnation
	Avec : Renée Leblanc, Jonathan Caouette, Adolph Davis, Rosemary Davis, David Sanin Paz, Joshua Williams. 1h28. Autoportrait de Jonathan Caouette, 31 ans, qui dès l'âge de 11 ans, décide de filmer la chronique chaotique de son enfance dans une famille texane.
2006	Jonathan Caouette as a film maker
	Téléfilm documentaire. 1h00.
2009	All tomorrow's parties
	Avec : Lightning Bolt, Animal Collective, Belle And Sebastian, Patti Smith, Nick Cave, Battles, The Boredoms. 1h22. All tomorrow's parties est un festival créé en Angleterre en 1999 par Stuart Murdoch, le chanteur de Belle & Sebastian, en réaction aux grands barnums sponsorisés. Il se veut tout entier voué à la musique, l'art, la création tous azimuts et la convivialité...
2011	Walk away Renée
	Avec : Renée Leblanc, Jonathan Caouette, Adolph Davis, David Sanin Paz, Joshua Williams. 1h28. En compagnie de sa mère, Renée, qui souffre d'importants troubles mentaux, le réalisateur Jonathan Caouette entreprend un voyage à travers les Etats-Unis, pour la déménager de Houston à New York...