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En 1914, dans un temple en Égypte, un archéologue italien décrit à son jeune assistant anglophone sa compréhension d'une fresque gravée sur un mur du bâtiment. Selon lui, il s'agirait d'un plan de bataille opposant d'un côté le Mal absolu, dont la venue est permise par un alignement de planètes qui a lieu tous les cinq mille ans, et de l'autre le Bien, dont l'arme est constituée de quatre éléments, entourant un être de forme humanoïde, un cinquième élément, placé au centre. Le prêtre, qui surprend la découverte, tente d'empoisonner les deux archéologues pour cacher ce qu'ils découvrent mais sa tentative échoue.
Un immense vaisseau extraterrestre atterrit alors aux abords du temple, appartenant à des extraterrestres de grande taille, entièrement harnachés de métal. Avec une grande précaution, ils rapatrient dans leur vaisseau spatial une lourde statue métallique et quatre pierres triangulaires qui étaient dans une salle secrète juste derrière la fresque explicative. Le prêtre gardien, qui est terrien, reçoit comme explication de leurs actions qu'ils pressentent arriver une guerre sur la Terre. Ils estiment donc nécessaire de mettre ces reliques en sûreté avec eux. Ils précisent enfin au prêtre qu'ils les rapporteront dans trois siècles, lorsqu'elles seront nécessaires quand le Mal reviendra.
Plus de trois cents ans plus tard, en 2263, une masse sphérique est apparue aux abords du Système Solaire d'une manière indéterminée. L'astre rocheux sans atmosphère est inerte, immobile, n'est pas assujetti à une quelconque rotation ou à une force de gravité. Un vaisseau spatial de combat s'approche et veut détruire cette anomalie en tirant ses missiles les plus puissants. Les armes se font engloutir par cet objet qui n'a fait que grossir davantage, puis produit une forme de bouclier de métal puis de feu, à tête de mort, et enfin extermine le vaisseau et tous ses occupants.
À cette époque, le prêtre gardien du Temple est un humain nommé Vito Cornelius, un « expert en astro-phénomènes ». Il est présent à New York dans la salle du conseil où les décisions militaires se prennent en accord avec le Président des Territoires fédérés. Tout le monde dans cette salle a suivi en direct la fin dramatique du vaisseau de combat.
Le prêtre tient un grimoire dans ses mains et s'en sert pour expliquer au chef d’État l'existence des cinq éléments. Les reliques sont en possession de l'ethnie extraterrestre appelée Mondo-Shawans, présentés comme alliés de la confédération. Cornelius fait part au Président de la venue programmée de cette anomalie cosmique, qui n'est autre que le Mal absolu, dont le but est de faire disparaître toute vie dans l'Univers. Le chef d’État l'écoute attentivement. La façon dont le vaisseau spatial de combat a pu se faire désintégrer de manière inexplicable l'incite à le croire. Il donne alors la permission d'entrer dans les territoires à un vaisseau Mondo-Shawan qui vient d'arriver à la frontière du Système Solaire. L'appareil est malheureusement attaqué par des vaisseaux belliqueux et l'engin s'écrase sur un satellite sans atmosphère.
Cependant, les équipes de secours retrouvent sur les lieux du crash une main de métal contenant des cellules vivantes. Un laboratoire militaro-scientifique à New York parvient à en reconstituer et à ranimer l'être, le cinquième élément, qui a l'apparence d'une jeune femme dotée de facultés physiques et mentales exceptionnelles. Alors qu'elle s'enfuit du laboratoire où les militaires la retenaient captive, elle se retrouve à l'extérieur du bâtiment dans un New York mégalopolitaine verticale avec de nombreuses voitures volantes et une brume tenace au sol. Cernée par la police, elle saute dans le vide depuis une corniche et tombe dans un taxi volant conduit par Korben Dallas, un ancien major des Forces spéciales reconverti en chauffeur de taxi. Celui-ci devait normalement conduire son taxi à la révision.
La jeune femme, nommée Leeloo, réussit à convaincre Korben, mis devant le fait accompli, de semer la police avec son taxi (mais perd tous les points de son permis de conduire) et de la conduire chez le prêtre Cornelius. Lorsqu'ils se retrouvent, Leeloo explique alors à son référent que les pierres n'étaient pas à bord du vaisseau Mondo-Shawan, pour tromper les serviteurs du Mal, en la personne de Jean-Baptiste Emmanuel Zorg (un fabricant d'armes et magnat corrompu par le Mal en personne) et d'un groupe de guerriers mercenaires extraterrestres polymorphes à l'origine de l'attaque du vaisseau Mondo-Shawan, les Mangalores. Après l'attaque du vaisseau Mondo-Shawan par ces derniers, ceux-ci apportent la valise à Zorg en échange des armes. Mais constatant qu'elle ne contient pas les pierres, le magnat annule la transaction, provoquant un différend entre eux au sujet des armes. Leeloo explique au prêtre qu'elles ont été acheminées en secret à la diva Plavalaguna qui doit les lui remettre en mains propres sur la lointaine planète Fhloston. Zorg, vexé par cet échec, convoque le prêtre pour avoir une discussion avec lui pour savoir où sont passées les pierres, mais elle tournera court et le prêtre est chassé.
Le Président est mis au courant de cette entrevue entre Leeloo et le prêtre, mais il est espionné par le bras droit de Zorg. Soucieux de garder l'affaire secrète du grand public, le Président fait truquer un concours alimentaire " Gemini Croquettes" dont la récompense est justement une croisière paradisiaque à bord du paquebot spatial Fhloston Paradise, où la diva fera un récital pour les passagers. De ce fait, Korben remporte officiellement le concours et possède la couverture idéale pour récupérer discrètement les pierres. Cela tombe à pic pour lui car il fait partie de la vague de licenciement de Zorg (qui l'emploie comme chauffeur de taxi). Mais ces billets sont très convoités et les vols pour Phloston Paradise sont complets depuis des mois. Le prêtre accompagné de Leeloo se rendent chez Korben pour partir sur Phloston. Au même moment, la police envoyée par Zorg arrive pour interpeller Korben dans le but que son bras droit prenne son billet, mais c'est le voisin qui est arrêté à cause d'un quiproquo. Les Mangalores interviennent, capturent le prisonnier et décident d'embarquer à bord de la croisière pour voler les pierres afin d'obliger Zorg à négocier avec eux.
Après diverses péripéties à l'astroport, Korben, Leeloo et Cornelius arrivent à bord du vaisseau spatial qui va les emmener vers le Fhloston Paradise où ils sont censés rencontrer la diva Plavalaguna. Korben Dallas et Leeloo se font passer pour un couple, officiellement invités, alors que le prêtre embarque comme passager clandestin. Korben est accueilli par l'animateur de radio Ruby Rhod, un homme déjanté, exubérant et farfelu, au grand dam de l'ancien militaire qui ne réclame que la tranquillité.
À l'arrivée sur la croisière de Phloston Paradise, alors que Leeloo se cache à proximité de la suite de la diva en attendant la fin du concert, Korben et Ruby Rhod se rendent à l'opéra pour le récital donné lors de la croisière. Durant le concert, des Mangalores prennent d'assaut les appartements de la diva, tuent ses assistants et fouillent la cabine à la recherche des pierres. Ils n'auront pas le temps de les trouver : Leeloo intervient et les neutralise, faisant preuve d'une grande maîtrise des arts martiaux. À la fin du combat de Leeloo, qui correspond à la fin du récital de la diva, une bataille provoquée par les Mangalores a lieu dans la salle de spectacle. Pendant ce temps, Zorg ayant réussi à embarquer à bord de la croisière avec son vaisseau profite de la confusion générale pour se poser sur le vaisseau et rejoindre les appartements de la diva. Il tombe nez à nez avec Leeloo qui décide de fuir plutôt que de combattre. Malheureusement pour elle, Zorg réussit à la blesser gravement à l'aide de son arme et repart avec une valise précédemment présente dans la salle de la diva. Sur le chemin le conduisant à son vaisseau, il décide de poser une bombe. Pendant ce temps, dans la salle de spectacle, la diva est grièvement blessée. Elle parvient de justesse à décrire à Korben le lieu précis de la localisation des pierres avant de succomber. L'ancien militaire ayant récupéré les pierres affronte alors les Mangalores qui parsèment le bâtiment et parvient finalement à arrêter l'attaque des mercenaires en tuant leur chef. En parallèle, Ruby, qui continue son émission, fait profiter tout l'Univers de l'opération censée être secrète.
Le système de sécurité du Fhloston Paradise détecte la bombe dix minutes plus tard, ce qui provoque la panique générale et une évacuation précipitée. Le petit groupe composé de Korben, Leeloo, Cornelius et Ruby Rhod arrive trop tard pour prendre une capsule de sauvetage classique. Zorg, s’apercevant que la malle contenant les pierres est vide, revient en catastrophe et court débrancher sa bombe. Le petit groupe et l'antagoniste se croisent sans se voir dans une zone dévastée où se trouvent les ascenseurs. Le groupe de Korben court vers le hangar où sont stockés tous les vaisseaux spatiaux, trouve le vaisseau de Zorg et s'envole à son bord. Zorg parvient à arrêter sa bombe de justesse mais observe alors une boîte s'ouvrir à côté de lui, contenant une autre bombe appartenant aux Mangalores. Ces derniers, vaincus, l'actionnent alors afin de faire sauter le paquebot « pour l'honneur ».
Ses serviteurs vaincus, le Mal absolu entre alors en action et fonce vers la Terre comme un météore. À bord du vaisseau, Leeloo continue d'apprendre sur l'humanité, mais est terrifiée quand elle découvre la guerre, tandis que Korben, mis au courant de la situation, fonce vers la Terre. Le petit groupe arrive au temple égyptien quelques minutes avant l'impact prévu. Après être parvenus non sans mal à faire fonctionner les pierres, Korben avoue son amour pour Leeloo et parvient in extremis à activer le cinquième élément et, ainsi, sauver l'Humanité. Le Mal devient une planète morte qui tourne désormais en orbite de la Terre. Au temple, Ruby Rhod prend la fuite avant qu'un éventuel nouvel événement n'arrive. Plus tard, Korben et Leeloo sont emmenés au laboratoire à New York, mais sont trop occupés à consommer leur amour pour recevoir le Président.