Mantegna peint son premier Saint Sébastien avant celui, plus monumental d'Aigueperse, qu'il réalisera cinq ans plus tard et actuellement exposé au Louvre.
Sebastian était le chef de la garde de l'empereur romain Dioclétien. Il a été condamné à mort pour ses croyances chrétiennes. Le saint a reçu la vénération la plus large et a été invoqué surtout en temps de peste comme une protection contre les "flèches de la peste". Le panneau aurait pu être créé pour cette raison : en 1456/57, la peste faisait rage à Padoue.
Pour Mantegna, le fondateur de la peinture du début de la Renaissance dans le nord de l'Italie, l'antiquité est le modèle toujours présent : la figure nue du martyr, ressemblant à une sculpture de pierre, est placée devant un décor architectural de style antique. Mantegna a tenu à apposer sa signature gravée verticalement en caractères grecs sur la colonne mutilée où est attaché le saint, ("l'oeuvre d'Andrea"). On discerne dans le nuage supérieur la figure d'un cavalier